洪武二十五年(1392年)，即朱标病死的同一年，朱元璋执意立朱允炆为皇太孙，在老朱心里或许有对朱标的愧疚，更或许是对朱允炆至孝褒奖，
但其实朱允炆并不想当这个皇太孙，因为朱标之死还没有令他的心完全平复下来，也还没准备好，加之朱标曾跟他说”不入仕途也罢，以我为鉴”。
父亲的死对于才十五岁的他，心理上是一个不小的阴影，让他觉得这个储君的位置内外交困，心力交瘁，精神上的压力过大，他还只是一个孩子，也不想重蹈父亲的覆辙。
但是允文知道，祖父的意志是不可违背的，再加上六十五岁的祖父才经丧子之痛，如果拒绝的话，会令老人的痛苦更雪上加霜，于是他没有表达过他内心的真实意愿，他始终是一个孝顺的人。
犹为奇怪的是，允文对祖父的感情，有时居然令他感到比父亲更亲近一些，因强势，说一不二，雷厉风行，生杀予夺的爷爷，对他来说真的是慈爱有加，每次不管爷爷碰到什么烦恼的事，只要见到允文，都会欢喜，百般疼爱，从没有疾言厉色。
其实朱元璋这种态度的转变，也是合乎情理，情有可原、有迹可循因为朱毕竟年纪大了，他最敬最爱的马皇后离他而去，久矣！而曾付予无限希望与理想的儿子朱标也先他而去，朱真的在心里感到无依无靠了，这种高处不胜寒的孤独滋味，让英雄一世的朱元璋也落寞凄凉，无限悲哀。
他杀掉了那么多与他出生入死，铁蹄征战，功勋卓著，开国辅业的文臣武将，杀得让他也不敢相信任何人，狭隘的小农意识还是容不得半点对他皇权觊觎的外人。
除了有血缘关系的亲人，他对谁都怀疑，猜忌让他一次又一次举起屠刀杀戮，私心使他把所有的望向他的目光都看成了居心叵测，不怀好意！
为了后代子孙不受他同样的苦，他不惜以杀光开国功臣的极端作法与代价来维护巩固他的皇权，设立锦衣卫东西厂，令所有当官者的一言一行都逃不过他的监视与控制，他是很强，但是他也是一个真正的孤家寡人，没有人理解他，只有人背后诅咒他，天下人都会对他不满，更没有人真正爱他。
然而允文在他心里的位置就不一样，一，是他亲孙子，二，允文非常孝顺，从不逆他龙鳞。三，吸取朱标的教训，不再严厉苛责于允文。
朱允文是他最后的希望与选择，他为允文准备好了天下都尊崇的大儒来辅佐他，他精心策划了所有军权兵力都掌握在他几个儿子的手中，天下始终是他朱家的，江山不会落入他人之手。
终于，洪武三十一年闰五月初十（1398年6月24日），朱元璋驾崩于应天皇宫，重病期间，因太祖性情刚烈，病中脾气更甚，周围人等莫不提心吊胆，战战兢兢，生怕触怒龙颜，唯恐丢掉性命，允文又主动承担责任，尽心尽力服伺朱元璋，相比此前十五岁那年的护理工作，允文更做得体贴周到，事事合礼，人人敬服，好几次都令朱元璋老泪纵横，宫中之人莫不赞许允文之仁义孝心，朱元璋临终，耳语允文：“孙儿，记得朕昔年得两宝，藏于东岳行宫，你有难时记得去取，可保大业无忧。”
太祖崩！遗诏：“朕膺天命三十有一年，忧危积心，日勤不怠，务有益于民。奈起自寒微，无古人之博知，好善恶恶，不及远矣。今得万物自然之理，其奚哀念之有。皇太孙允炆仁明孝友，天下归心，宜登大位。内外文武臣僚同心辅政，以安吾民。丧祭仪物，毋用金玉。孝陵山川因其故，毋改作。天下臣民，哭临三日，皆释服，毋妨嫁娶。诸王临国中，毋至京师。诸不在令中者，推此令从事。”
允文感太祖之慈爱，按照古礼，祖父或父亲去世，子孙得守孝3年。但考虑到朝廷国务繁忙，皇帝守孝可“日等同月”，即天子守孝一天可算一月，如此，天子守孝满三十六天就可算守孝三年。但允炆想到祖父对自己的慈自己要为祖父实打实守孝3年。
允文即位，年号建文，初登大宝，广施仁政，体恤民情，大赦天下！
昔太祖在时，律法极严，犯者动则被处死，且不时颁布“诰”来补充律法未尽事项，同时以“榜文”列举典型案例，并要求《大明律》将“诰”“榜文”收录在附则。
太祖命允文，参照历朝刑法，修正《大明律》，允文觉祖父之法过严，“诰”与“榜文”中定下的惩罚尤其如此。便劝说祖父取消这样的条款，改定洪武律畸重者73条，天下皆颂其德。足见允文之德不独予祖与父，也是惠及天下苍生。
即位后，允文又禁止以诰为据判案定罪，同时停止公布榜文，等于进一步修订了法律中的严苛条文。
元末，张士诚踞苏松区域，多施仁政，深得民心，据传太祖当年攻打此地尤为艰苦。开国后，太祖对此地域，报复性地课以重赋，每亩地征税2~3斗，且规定“苏松人不得官户部”。其时苏松耕地只有天下的1/88，缴纳的赋税却占到了全国的9.5。
允炆即位后，下诏大幅减免苏松赋税，将征收标准降到每亩不超过一斗，同时允许苏松人入户部为官。
皇权排他，需一权独大，以保子孙享富贵荣华。太祖建政后，为了牢固控制国之大政，将儿子派到各地做诸侯王，在他掌权时当然不会有事，毕竟他是父亲，有巨大的威性、能力和lún_lǐ道德优势。
但轮到建文执政，诸侯王