在齐泰、黄子澄等人的建议下，建文帝决定削藩。他先是将周王、岷王、齐王、代王等废为庶人。
湘王朱柏秉性刚烈，强不受辱，在得知朱允炆要抓他时，携全家老少自焚而亡。此举极大惊吓仁厚善良的建文帝，他开始后悔以前的削藩。甚至在朱棣起兵作乱时，还要求官军不得伤及朱棣，“毋使朕有杀叔父之名”。
对于臣子，建文帝也仁义有加。朱棣作乱时，打的是清君侧的旗号，声称自己是“靖难”，而且仗打得越久，官方丢的地盘越多，换上别的皇帝，早就以处死齐泰与黄子澄为代价与对方和解，
但建文帝不是这样，虽然一度他表面上也要求齐秦、黄子澄离京，实际上却是派他们外出秘密募兵。
李景隆心怀鬼胎，居心叵测，受命统帅60万大军与朱棣作战，优势明显，敌寡己众，却屡战屡败，白沟河一役更是败得惨不忍睹，官军被斩首数万，溺死10余万。
后李景隆兵败回朝，连最初极力推荐李景隆的黄子澄当廷痛哭“景隆出师观望，怀二心，不亟诛，何以谢宗社，励将士”
吏部左侍郎练子宁还当廷抓住李景隆，数其罪，请诛之！
帝，尚顾念景隆是表兄弟，不忍治罪，练愤激叩首大呼曰：“坏陛下事者，此贼也，臣备员执法，不能为朝廷除卖国奸，死有余罪，即陛下赦景隆，必无赦臣！”因大哭求死
方孝孺等十八人殿前，义愤填膺，群情激愤，围殴景隆，并有监察请求诛杀李景隆以谢天下，建文帝依然不忍心治他的罪，后来甚至还将与朱棣和谈的重任托付给他。
建文帝至仁至礼，其人格力量，从以方孝孺为代表的大批文武大臣在大势已去之际甘于赴难，可见一斑，后世有人论述：真正毁掉建文帝的不是他的仁爱，而是不让他好好施仁爱的皇权体制。
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