当时的明王朝海禁森严，不可能允许这样的人物长期存在，他的势力已经大到可以对抗这个国家了。于是他们开始了软硬兼施的办法，先是抓了王直在内地的亲戚，其中包括他的妻儿和老母，接着又派人去到日本谈判，告诉他朝廷有招安之意，并且透露已将他的亲人安置在杭州照料，言下之意便是我有人质在手，如果你能回来，我保证你安全并且加官进爵荣华富贵等等。
经过两年多的软磨硬泡，王直骨子里头到底还是一个传统的中国男人，落叶归根和孝善孔孟思想最终让他选择回国，其下场是可见的。没多久，这位海盗王便被抓入狱，但是因为忌惮他的余部力量，整整两年时间也没有敢动手，如此拖延了两年之久，中央才最后下决心处决王直，罪名却不是海盗，而是“叛国”，在以圣旨名义下达的判决书中，指责王直“背华勾夷，罪逆深重”——尽管王直并非听命于日本人，而是日本人听命于他。
令后人唏嘘的是，王直既不认为自己就是“倭寇”，更不认为自己是“叛逆”。他在狱中写了一份《自明疏》，认为自己只不过是“觅利商海，卖货浙福，与人同利，为国捍边”，不仅“绝无勾引党贼侵扰事情”，而且，“陈悃报国，以靖边疆，以弭群凶”。
听完这一切，几个人不仅开始唏嘘起这位海盗王人生结局的悲惨，如此一个传奇人物到底还是走向了不归路，不过说了这么多，又跟这里有什么关系呢？这个疑问是所有人都想知道的，于是向来少话的郑九五继续说道：
“在当年那批运送去到台湾的故宫博物馆里有一些明朝皇家档案，在整理这批档案的时候，人们发现了当年之所以王直被抓后还能好端端的软禁两年才遭毒手是有原因的。王直纵横四海，又与全球通商，还是垄断性的，积累的财富超乎了人们的想象，但是他被抓后这些财富的下落却不为人知。原因便是王直给自己留了一个后手，他将那些财富藏在了几个隐秘的地方，如果说出宝藏的下落，他知道自己马上就会没命，于是这便又成了他的护身符，只可惜最后的王直还是死于朝廷内部派系争斗，成为了别人上台的一块垫脚石，这笔自有海盗历史以来最为炫目的财富也就跟着成了失落宝藏。”
当年抓回王直的胡宗宪在政治上的起家，靠的是浙江督抚们与中央特派员之间的矛盾。如今，作为方面大员，他自己也陷于这种权力斗争游戏，只能徒唤无奈。胡宗宪倒是真心想招安王直，以利用他的力量平定海疆。胡宗宪上疏请求皇帝赦免，但“其后议论汹汹，遂不敢坚请”。当时有朝廷中人害怕他因为找到王直宝藏而因功进爵威胁到自己的势力，甚至联合上书弹劾胡宗宪，而京城已经开始传言，说胡宗宪收了王直集团的高达数十万两白银的巨额贿赂。众口铄金之下，胡宗宪“大惧”，只好附和大多数人的意见，而当朝的皇帝为了朝政的稳定只好先行就拿了王直的人头。