距离远古时期的巫妖大战已经过去万载余年，妖族归隐北俱芦洲，巫族亦退出洪荒的舞台，归隐蛮荒之地。人族崛起，大兴之势如燎原之火迅速成长起来。
洪荒历史由远古时代进入蛮荒时代，在火山、洪水、野兽肆虐的环境之中，人类的部落之间为抢夺生存环境和生活资料而相互争斗、频繁厮杀....
伏羲妖圣入轮回转世，华胥氏雷泽有感，诞下圣贤，人族天皇伏羲应运而生，得三清门人、天狐妖圣之助，从北冥之地的妖师鲲鹏手中取得远古天庭妖帝至宝‘河图洛书’，并在洛水边上悟得无上大道，创立先天神算，伏羲八卦。
天皇伏羲得瀛洲仙岛赠宝北冥玄龟之壳，并加入许多天材地宝，炼成一件人族神器‘伏羲八卦盘’。为人族趋吉避凶，荡除妖邪，一统洪荒人族，人族众部落尊天皇伏羲为共主。同时先天灵宝崆峒印出世，被伏羲所得，从此崆峒印为人族至尊的象征。
随后，在与天斗、与地斗、与人斗的恶劣环境中，伏羲又发明了织网捕鱼，创制“八卦”，制定婚娶制度，为创建人类远古文化做出了巨大贡献。
伏羲功德圆满之际，将共主之位传给烈山神农氏，飞升三十三天之上的火云洞清修。
神农氏本为姜水流域姜姓部落首领传说神农一生下来就是个“水晶肚”，几乎是全透明的，五脏六腑全都能看得见，还能看得见吃进去的东西。那时候，人们经常因乱吃东西而生病，甚至丧命。神农氏又曾跋山涉水，尝遍百草，找寻治病解毒良药，以救夭伤之命。
神农尝百草之滋味，一日而遇七十毒。后来一名身着紫色宫装的女子来到奄奄一息的神农面前，给他喂下一颗丹药之后，神农氏才悠悠醒来，连忙起身道谢，紫衣仙女轻轻一笑，递给神农氏一根的鞭子，告知此乃先天葫芦藤所炼制而成，名为褚鞭，抽打百草，可辨别其药性，说完之后紫衣仙女化作一阵霞光腾空而去。
一天，一只周身通红的鸟儿，衔着一棵五彩九穗谷，飞在天空，掠过神农氏的头顶时，九穗谷掉在地上，神农氏见了，拾起来埋在了土壤里，后来竟长成一片。他把谷穗在手里揉搓后放在嘴里，感到很好吃。于是他教人砍倒树木，割掉野草，用斧头、锄头、耒耜等生产工具，开垦土地，种起了谷子。
神农将毕生的农业、中医药经验尽数传给人族，并记录造册，为后世流传。并有一件旷世神器‘神农鼎’遗留下，传闻神农鼎内有长生不老药，但是神农氏飞升火云洞之后，神农鼎便不知所踪。
神农氏功德圆满时，将共主之位传给轩辕氏。轩辕即黄帝者，少典与附宝之子，取名轩辕，为轩辕氏。生而神灵，弱而能言，幼而徇齐，长而敦敏，成而聪明。
轩辕氏出生的时候，便有一名自称是玉清圣人门下弟子，名叫广成子的道人将轩辕氏收为弟子，并且带回崆峒山去修炼，十六年后方让轩辕氏回到人族部落之中，继承部落酋长之位，之后神农将人族共主之位传给他，飞升三十三天之位的火云洞清修去了。
轩辕氏乃是土德之体，被后世尊称为黄帝。黄帝轩辕氏他播百谷草木，大力发展生产，创造文字，始制衣冠，建造舟车（轩辕二字也有舟车之意），发明指南车，定算数，制音律，创医学等，胜炎帝于阪泉，战胜蚩尤于涿鹿，诸侯尊为天子。
蚩尤乃是巫族的巫十三转世之身，率领巫族遗民九黎族与华夏人族大战于逐鹿，蚩尤练就十二杆都天神煞旗，重现太古洪荒四大奇阵之一：都天神煞大阵。并且大败黄帝，后来黄帝得阐教、截教金仙之助，破掉都天神煞大阵，灭了九黎族，并且用太清圣人所赐下的神器：轩辕剑斩杀蚩尤，将其尸身分为五份，分别镇压在五岳之下。
待得轩辕氏飞升火云洞之后，由其子少昊接替其位子。少昊、颛顼、帝喾、尧帝（唐尧）、舜帝（虞舜）。
帝尧时，中原洪水为灾，百姓愁苦不堪。鲧受命治理水患，用了九年时间，洪水未平。舜巡视天下，发现鲧用堵截的办法治水，一点成绩也没有，最后在羽山将其处死。接着命鲧的儿子禹继任治水之事。禹接受任务以后，立即与益和后稷一起，召集百姓前来协助。他视察河道，并检讨鲧失败的原因，决定改革治水方法，变堵截为疏导，亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。
人族议事大殿上，大禹凝视着眼前的地理沙盘，与一旁的益和后稷商议着黄河水患的问题。
忽然有宫殿侍卫来报，宫外有两名道人来访，大禹微微一惊，然后让人将两名道人引进议事大殿旁的偏殿。
不一会儿，便由一名侍卫带着两名身着不同颜色道袍道人来到大禹面前。
“无量天尊，贫道慈航奉师尊玉清元始天尊之命下山来助共主治理黄河水患。”慈航道人手捏道诀，稽首说道。“这位乃是贫道的师弟黄龙真人，与贫道一同前来协助共主。”
“原来是圣人弟子，孤有失远迎。”大禹微微行了一礼，说道。
慈航道人和黄龙道人侧过半边，不敢受此大礼，连忙说道：“共主客气了，解救洪荒万民于水火之中，是吾等修道之人分内之事。”
大禹微微一笑，说道：“明日孤诏诸位大臣来共商大计，到时候请二位仙师亦来。今日就安排两位仙师在后殿歇息。”