任思齐带兵到达泉州时,泉州已经光复,掌控泉州城的是郑芝龙的兄弟郑鸿魁。任思齐以隆武帝的名义召郑鸿魁及郑家各将领入见,然后把他们统统软禁了起来,派出军队收编郑家的士兵,中间遇到了不少的抵抗,可是在崇明军强大的战力之下,抵抗被强行镇压了下去,数千人死在了崇明军的刀下,其他士兵都乖乖的接受了改编。
收编了郑家的军队后,任思齐手中掌控的军队将近十万人,他立刻调兵遣将,开始对残余的清兵围追堵截,终于在汀州把阿济格和博洛追上,在战斗中绿营将领金声桓临阵倒戈,从背后向八旗兵举起了刀枪,在明军和投降的绿营兵的围剿之下,剩余的数千八旗兵被消灭在汀州的山峦之间,阿济格奋勇冲突,斩杀数十个明军,最后被崇明军的火枪击毙。贝勒博洛被生擒。
自九月阿济格带兵五万入侵福建,历经了三个月的大战,以阿济格的被击毙,清军的全军覆没而结束。而整合了郑家的军队之后,福建也落入了崇明军的手中。