案件的审理受到地方势力干扰，断续长达一个多月。京师下达的奏疏批复，第一第二道内容大致上差不多，都是安抚地方的官话，批语也认可了张治等人的处置事宜，同时附语训斥张治急功近利，同室操戈勿要过甚，切莫擅杀过度。
会审期间，张治的确依法处死了一批人，但相对那些畏罪自杀的还算少了。批复中嘉靖帝应允了会审的最终判决，以费新茂为首的主犯、杨照、陈启等南京十三个大小官吏为同犯，其他各府通犯三十七人共计五十一人定性为死罪，秋后处决。其余二十嫌犯充军、流放千里之外。
曹海因案涉嫌其中，处事不正有失监察之责，革去巡抚之职，暂不再设应天巡抚。张治后续上书，继续调查深究。却被第三道下达的批复，狠狠的责备一番，仅仅是书面上的训育话语，足可看得出嘉靖帝是何等的生气。
曹海的粮储总督至少保住了，地方实权没了就没了，老命还在其他都不算什么。嘉靖帝一张御诏宣旨，“秋后处决”改为“斩立决”，唰唰几十颗人头立即落地，结案备录上报京师各部，这件案子也就算是完结告一段落。
该嘉奖的仍需嘉奖，东城兵马使司副指挥使俞斌，擢升为正使。锦衣卫千户狄晖擢指挥佥事，仍兼领南京锦衣卫北镇抚司。原南城兵马司指挥使郝林擢副总兵官，由副使林磊接任指挥使。
有人起有人落，有人喜必有人哀，纷纷扰扰终究定了局，大家都接受了这个结果，南京表面上也就恢复了以往的安稳。
砍头台上的血迹流淌而下，着实将台下场地的沟槽汇成了血河。罪犯们的尸首一一验明正身之后，都被仵作们收敛返回处理。
不远处的茶楼之上，赵凯与洪达相视观望，不仅唏嘘：“这官场相争恶斗，虽然恶劣斑斑，不过那张治老儿也算是作了一桩好事。”
赵凯不屑的说道：“这算的什么，不全是在三爷的运筹之间的事嘛！让我困惑的是，那封附有公文的私信……为何不翼而飞了？”
“呃，他们的人没搜到，那个倒霉催竟也拿不出，莫不是他自己吃掉了？！”
“你蠢啊！那是保命公文，也是致人于死地的罪证。莫论如何，既然当了罪也只能怨他自己倒霉了！嘿，只盼这一场血腥，能激发南京人该有的血性才好，安逸多年全然都忘乎了血性为何物……”