太仆寺的建立，不仅方便了皇家出行，更为国家的养马业发展、骑兵部队的组建发挥了巨大作用。历朝历代都沿用了太仆寺制度，并不断加以完善，表现为管理的官署越来越多，可以供太仆寺征调的资源越来越广。如果大理寺为保障国家的治安提供了重要助力，那么太仆寺为国家的国防与交通运输做出了巨大贡献。
而‘唐朝九寺’中的其它四寺，宗正司、司农寺、太府寺和卫尉寺，则变化较大，有的并入其它部省，有的则被废除或改建。在琼州时，为了提高行政效率，赵昺实施的是三省归一的体制，将太仆寺并入兵部，司农寺并入户部，鸿胪寺和太常寺并入礼部，宗正寺改为宗正司由内廷管理，卫尉寺的职能由护军亲卫旅代替。余者暂时不设官员管理。
其实除了九寺外，还有监、院的设置。如作为古代教育体系中的最高学府国子监；掌管历法和文的司监；兵器制造和研发的军器监；掌管宫室建筑，金玉珠翠犀象宝贝器皿的制作和纱罗缎匹的刺绣以及各种异样器用打造的将作监；掌管舟船及水运事务、川泽、津梁、舟楫、河渠等事的都水监及医药卫生的太医院等等。
所谓存在即合理，监、寺等机构的设置本意只是协助三省六部更好地处理事务。吏户礼兵刑工六部加上三省大多都只能处理内部、中央和一些紧急的事情，并也只能粗略处理，而一些不紧急的和一些需要细微处理的事情就由寺监管辖。甚至有一些九寺中的官署，慢慢隶属于六部，成为六部的一部分。
其次就是古代分权制衡思想兴盛，三省六部制的思想也体现了分权意识，而寺监也在一定程度了分割了三省六部制的权力，加强中央集权，巩固封建统治。且监寺都是一些专业性比较强的部门，为了更好的服务和处理相关政务，所以被单独归纳出来成为单独的机构。
而当下监、院等机构也被赵昺拆的七零八落，司监和国子监归于礼部管理，太医院基本上是由赵昺直接领导，其他人插不上手。都水监改为都水司，划归工部管辖，而都水军则又由兵部主管。至于将作监和军器监虽然挂在工部名下，实际上皆由内廷管理，直接向皇帝负责。
正是因为这些监、寺、院承担着国家一定的行政职能，在必要的时候甚至能够取代六部。所以赵昺知道两人是担心自己会将这些监、寺和院等机构划入内廷，以增强皇权。而他们也知道有些事情自己不干，皇帝就可以让内廷机构接手，跳过朝廷的‘监管’，以致失去管控。
现在赵昺对于内廷的设置皇帝避而不谈，他们当然担心朝廷会被内廷挟制，因而也持保留意见，以便可以从容应对，而当下问及也可以理解为试探……