倭寇的威胁是巨大的，但绝不是致命的，明朝的最大威胁来自蒙古高原的游牧骑兵。洪武和永乐时代的远征，使蒙古人遭到重创，并发生分裂，但当明朝军队衰落时，他们发动了对明朝的反击。1449年，蒙古军队俘虏了明朝皇帝并直逼京城，防范来自北方的威胁成为帝国的战略中心，因此它必然在海洋方向撤退。
大多数明朝官员们不了解水师的重要性，反而挪用本应用于水师的资源。大运河开通后，他们把水师兵调往运河运输粮食，水兵变成了运输工人。沿海的兵七成以上被派去种地，三成被派去造船，大批水师人员被调往京城修建宫殿，本应用的海防的人力被运输业，农业和建筑业所占用。最可耻的是短视的皇帝们大量挪用水师饷银。1425年停止海上远征所节省的经费被用来赏赐皇帝的家属。1436年，战舰制造被大大削减，经费被用来修造皇帝的坟墓。
再次，明朝政权的腐化和地缘政治思想的落后，是明朝水师衰落的重要原因
明朝的腐化所带来的危害是显而易见的，皇帝挪用水师饷银，宦官动用运输船队，军官克扣水兵军饷，并动用战船进行走私，都造成了水师的疲惫不堪。同时整个明朝陷入党派之争，没有人去关心明朝的海上利益。**的危害是明显的，但思想观念的阻碍，确实难以察觉的。
中国古代地缘政治思想，有两个致命弱点。第一，缺乏海权观念，是典型的大陆性地缘政治观。中国并不是缺乏航海传统的国家，至迟在春秋时代就有了海上运输和海军。但却缺乏对海洋战略价值的重视，只有郑和有对海洋的战略眼光，郑和舰队的部分成员拥有海上探险精神，为此他们曾深入前人从未涉足的海域，他们实际上是进入南太平洋和南大西洋的第一批航海家。然而他们悲惨的出身注定他们的努力是失败的，这些中国古代罕见的航海家都是备受歧视的宦官，他们的成功只能加重主流社会对航海的敌视。明朝官僚们在1422年趁郑和远在海外之际，终于让皇帝放弃了海外扩张的企图，他们的理由是，外面的世界太大了，它让我们感到恐惧。不久郑和被招回，舰队在海港中烂掉，它的航海资料被兵部销毁，停止建造远洋舰船，严禁海外私人贸易，将近在咫尺的制海权拱手让与他人。海权观念的缺失造成了国防战略中的大陆军主义，从而使水师得不到足够的资源。第二个致命弱点是半虚构的中国中心论，中国在自古认为自己是天朝上国，把其他国家当作蛮夷，沉醉在起初是真实的继则是虚幻的最后是伪造的世界中心地位中，不愿意了解朝贡圈外的世界。由于落后的地理观，当时认为郑和已到达整个世界，在海上没有发现与中国抗衡的力量，因此保持水师也变得没有必要。
中国中心论所带来的文化优越感，使中国执行了一条世界主义的外交路线，尽管也有地缘政治利益和资源-贸易上的考虑，但更注重价值观的推行和文化的辐射。这种对外战略比殖民主义和帝国主义要文明得多，但却容易漠视本国的战略利益。当郑和粉碎了来自马六甲海峡，锡兰和爪哇的挑战时，明帝国获得了控制这些战略要地的合法性，从而可以控制亚欧国际航路。然而传统的怀柔政策再次导致坐失良机，否则葡萄牙人根本没有机会进入远东。民族国家意识的缺失，造成了明朝海外利益的自动放弃。这一切加在一起，造成一个可悲的结局，当西欧为了建立海军不惜像威尼斯银行家借贷时，明朝兵部职方司郎中刘大夏却将具有重要战略价值，历经郑和船队数十年舍生忘死才得到的航海资料销毁，而且受到明朝所有官员的称赞。郑和若地下有知，是否会死不瞑目呢？
衰落的影响
一支曾在西太平洋和北印度洋发挥过重要影响的海上力量的撤退，无疑会带来深远和复杂的影响，具体论述于下。
1、北印度洋朝贡贸易圈的崩溃
中国商人早在唐宋时期便在印度洋贸易中发挥重要作用，这种影响延伸至十六世纪。如戈雷多曾说他在印度海岸发现许多中国人的商站。另一本葡萄牙著作说据霍尔木兹人讲中国船很多，仅一次涨潮就有4000艘中国船进入海峡。在郑和海上远征中，通过军事威慑和和平贸易，使许多印度洋国家成为明朝的藩属，构成北印度洋朝贡贸易圈。包括孟加拉，斯里兰卡，印度西南海岸，霍尔木兹，亚丁和非洲东海岸的三座城市：
（本章未完，请翻页）摩加迪沙，孟萨，拉瓦尔。这些城市控制着通往西亚，东非和印度腹地的商路。
当时阿拉伯商人垄断印度洋贸易的时代已经过去，而葡萄牙人要到1498年才能来到，中国有一个世纪的时间控制印度洋贸易，进而使印度洋成为明明朝的内湖。由此大明将在新航路开辟之前成为世界性海上强国，并控制海上丝绸香料之路。西方人将没有机会建立在亚非的霸权。但这一切都随着海上远征的结束化为泡影。尽管朝贡贸易仍在继续，印度洋上还有许多中国私人商船，但中国已丧失了对印度洋贸易的控制。失去强大的海上威慑力量，外国商人便不愿按官方比价买卖并接受纸币，从事朝贡贸易因此无利可图而减少，而明明朝与北印度洋各国的外交关系也随之疏远。同时，没有海上护航的商船队是没有安全保障的。仅在1511年7月7日一天，便有五艘中国商船在马六甲海峡遭到海