黄帝神农氏最后终于将蚩尤击败于涿鹿战场，而被俘的蚩尤不肯投降，，黄帝怕他复活将他尸身葬于大荒各处，使其永远汇聚而首级所在的地方化作了“血枫林”。蚩尤本是九幽戾气所化不生不灭。蚩尤的血染了的大地变成一片枫林，每一片树叶的颜色都是鲜红的，那便是蚩尤身上迸溅出来的斑斑血迹，直到后世还在诉说着他的悲愤。
大战之后，诸神神力大不如以前，女娲与帝俊更是如此。女娲回到了残碎的不周仙山，帝俊也早已厌倦神界的争斗，加之孤苦一人又回到了东海蓬莱之地，居于扶桑神树之上。佛祖游历人间，开始了新的修行、轮回，四位大神各有去处。不过三界终于又恢复了平静……
人间界也正式迈入了上古时期，一晃就是几千年过去了，人类繁衍不息，万物生长一片欣欣向荣之势。与此同时神界又诞生了一些新生的诸神，大多是还是延续了炎黄神系与帝俊神系。其中炎黄神系以颛顼为新的代表，帝俊神系以共工为代表，同时共工在妖魔一系也很有影响力。上古时期是人神共存的时代，时常有人类女子与神结合，生下后代，这些后人大多是半神半人式的，有上古鱼神与人类女子结合，他们的后代，被称之为鱼人族。也有其他一些种族，人们习惯将之称为异族，与人类的种群区别开来。两族和平相处，倒也无事。
皇天之下，厚土所载，以中原为核心，周有八荒：东，西，南，北，东北，西北，东南，西南，是谓八荒。中原大地，山川灵秀，土地丰美肥沃，几乎聚尽天下人口。而周遭八荒之地，所在多是山险水恶，兽尽鸟穷，常人难至，却多有化外异族。因为有诸神的压制，这些化外异族也不敢进犯，不过神与人共同生活，也使得神沾染上了人的脾性，自私、嫉妒、贪婪等种种弊病。终于引发了问题……
女娲与帝俊的淡出神界，使得公共与颛顼开始争夺神界的主宰。共工与颛顼争为帝，二神直打了几天几夜，共工不敌，怒而触不周之山，天柱折，地维绝。天倾西北，故日月星辰移焉；地不满东南，故水潦尘埃归焉。
天地间洪水泛滥，水患频频，滋生妖邪，神界之弱水一沾上凡间之土，再也无法自拔。归墟之水稍后紧跟着流出，归入神秘的五海之中。无情海自此便有黑水玄蛇一说。沧海之洛水更加迅猛的汇入东海，生出龟鳖等妖物。欲海的黑色曼陀罗花再次绽放，神界有一场灾难来临了……
八荒之地的妖魔也趁势作乱，人间界陷入了前所未有的危机。八荒之中西南之地出一大妖，此妖称雄南疆之地日久，潜藏的极深暗中已将南疆之地变为人间地狱，天地戾气也被这洪水激发的更加凶猛、恣肆。南疆戾气源于洪荒时期的“幽冥血海”，不生不灭，只能封印，却无法将其根除。玄火阵承天地戾气而生，正是压制这股戾气的最好法子。南疆“幽冥血海“残余的戾气也召唤着八荒妖兽的来临！
人之所寿，皆有所限，纵然修道有成，也不过多活个几百年罢了。但非人之物，却往往性命更加悠久，而天地造化、阴阳戾气等等，更是天地开辟以来，恒久不灭者。蚩尤被黄帝斩杀，死于北极冰原化为血枫林，千年来一直试图借机重生，恰逢遇上夸父的怨气，两者融汇，急速的成长，遂又生一大妖，也是八荒凶神之一。
共工与颛顼之战引发了如此恶果，惊动了隐世的女娃与帝俊，两人不思悔改反而逃窜而去。女娲思祸乱的根源在于神人相通，神沾染上人间的恶习，遂定天条禁制神人来往。从此神界与人间界分隔！女娲练五彩石以补苍天，帝俊也派出了自己手下的得力干将鲧治水。
鲧因治水无功，被帝幽于羽山，鲧羞于自沉于羽渊，化为元龟。禹治水，得龟相助。大禹便带了助手，去挽救人类，治理洪水。大禹首先赶走了兴风作浪的水神共工。随后命一只大元龟把一种叫“息壤”的神土驮在背上，跟着自己。这种“息壤”神土，只要放在地上就会不断生长，积成大土堆。大禹一路上用它填平深渊、堵截洪水。
大禹治水果然有奇效，被天帝嘉奖。与此同时，女娲耗尽神力终于补上了苍穹最后一个窟窿。大龟将剩余的“九天息壤”带回蓬莱之地，突然间一股旋风而来，打散了龟背上的息壤落于东海之中，很快变成一座小岛，即是阎罗之岛。那股飓风也是有意为之，这又会是一个怎样的神秘？轮回之中终于有了印证……
女娲回头望众生一笑，自知神力耗尽命不久矣，索性燃烧元神将毕生的修为与残存的一点神力注入补天剩下的一块五彩石中，形神俱灭。洪荒最强的女神就此而亡，又一位大神离去了。女娲终究是大神，仅存的一点神力也非同小可。此石即是女娲石，女娲石的能量太强，突破了人间界的极限，一道天刑极雷劈下，击碎了女娲石，遂一分为五。
落在神界化作“冥石”，后被天帝帝俊所得，溟濛未开天帝以神力通灵，因此之故后世多称之为“天帝冥石”。帝俊怀念女娲的离去，曾经共患难的五位洪荒大神，已去其二，帝俊将寻觅到的那块女娲石，放于“天帝宝库”之中，遂决定独闯南疆之地。似乎天帝早早预料到此行的结局，割开臂弯将“神血”注满玉杯，即是后世所谓的“天地灵药”。天帝缅怀一场，挥袖而去……
玄火阵已经压制不住南疆凶神，共工伤重逃