但有件事，沈溪必须要在朱厚照走了后便进行处置，那就是湖广西部和南部愈演愈烈的地方少数民族叛乱。
因为这几年有天下粮仓地位的湖广频频遭灾，造成粮食大面积减产，百姓生活受到严重影响，处于边远高山丘陵地区的地方少数民族部落的日子不好过，各村寨饿死的人不在少数。在这种暗流汹涌的情况下，地方土司衙门应对不力，州、府衙门也是自顾自，封闭县城不管城外百姓死活，导致民怨沸腾。
随着叛乱频繁发生，各村寨的少数民族武装有合流的迹象，即便湖广行都指挥使司已派出兵马前去平叛，但效果非常差。
地方少数民族对地形地貌非常熟悉，利用春夏之交山雨连绵道路难行的特点，叛军跟官军打起了游击，在连续出击八方袭扰的情况下，官军首尾难顾，在付出上百人伤亡的代价后，最后不得不躲进城池中，等候沈溪这个两省总督进一步的指示。