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慈禧太后面对众人又说道：“有罪不罚，有功不赏，试问还有谁肯替朝廷实心办事？”等退了出来，恭亲王赶紧又上了一个谦辞的折子，措词极其切实。
两宫太后商量了后，第二天，到底把这通谕旨降了下去，恭亲王心里有数，这不是什么先帝的“恩旨”，只是慈禧太后，希望他赶快把垂帘章程议了出来的表示。
十月初九甲子日，六岁的皇帝在御前大臣的扶持夹辅之下，在太和殿行了登极大典，紧接着是慈禧太后的万寿，重重喜事刚过，被肃顺一派所抑制排挤的官僚，又复弹冠相庆，各衙门送旧迎新，热闹非凡。
一朝天子一朝臣，绝大部分出于恭亲王军机处的安排。为了此一番大调动，他和文祥等人，煞费苦心，党同伐异，隐隐中的派系，要一一安抚妥帖。
而清议又不能不顾，人才更不能不讲，除了这些以外，恭亲王还有一层只有他自己和极少数心腹才知道的私心，在垂帘之议定局以前，先要把自己的势力建立起来。
他深谙政权建立之初，平反前朝冤狱、整顿本朝吏治是一项行之已久，且屡试不爽的统治方略。前朝肃顺专权时，屡兴大狱，以示权威，积压了很多冤案。
但由于肃顺权大势大，当时没有人敢站出来申诉。新政权建立，人人急切地渴望有沉冤昭雪、释放冤囚、告慰冤魂的一天。
少詹事许彭寿即上折，请求将“五宇钞票案”尽早结案，并给无辜株连者昭雪。由于慈禧对该案了解不多，全权交予恭亲王督促刑部办理。
这个案子发生在咸丰九年，是肃顺为排挤主管财政的大学士翁心存和户部尚书周祖培而兴的，它积压在他的心头已经有数年了。
打击对象之一的周祖培，虽然有借他的力量扳倒肃顺出口恶气之嫌，但他积极参与政变，忙里忙外，确实为这次政变出了不少力，也该是给他点回报的时候了。
另一打击对象翁心存，三代帝师，其门人、学生遍布朝野，可谓学界泰斗，士林的一面旗帜。三个儿子也深受瞩目，长子和次子为地方巡抚、布政，三子为咸丰六年的状元。挽救了他，那可是收拢了天下士子的心。
“五宇钞票案”，也称“五宇官钱铺案”。咸丰年间，农民起义风起云涌，朝廷不断地派兵前往镇压，耗费了大量的银两。为解决军费开支的困难，政府决定由户部设立宝钞处和官钱总局，铸造劣质大钱，发行钞票。
当时有“乾”字编号的钱局共四处，“宇”字编号五处。肃顺奉旨查检财政时，发现“宇”字五号局欠款和官钱总局的账面不符，追查出一个贪污总额高达数千两白银的巨额贪污集团。
这可给了肃顺一个显示自己权威和打击政敌的绝好机会。肃顺大动干戈，抄查家产数十家，拘捕数百人，南北两监狱关满了，与此案有关联的犯人。
至今已两年有余，未能结案，弄得朝野上下人心不安。
他积极推动此案的顺利解决。许彭寿上折后的十月十一日，刑部即收到上谕，着令迅速结案，省释法不当罪的人，以缓解民众内心的疾苦。
并特别指出：查处惩办污吏固然重要，但肃顺、载垣等人排斥异己、罗织罪名、作威作福的办案方式是错误的。要引以为戒！
刑部按照他的意思，不出数日，便查清案情，凡株连之人，不能查实的，一律释放。
十一月初三日，两宫太后又再次下诏指出，此案株连太甚，打击面太宽，令迅即发还被株连者的全部家产。
曾经哄动全国的大案，在他的主持之下，迅速结案。也借此又赢得了朝野的欢呼和拥护。
大家看“五宇钞票案”很快就被平反了，以御史任兆坚为首纷纷有人上奏，恳请为因戊午科场案被斩决的大学士柏葰，洗刷罪名。
一日议政，未等大家开口，西太后首先开口道：“六爷，今日屡屡有人呈奏，请求为戊午科场案被诛的柏葰昭雪，你们看该如何处置？”
柏葰，蒙古人，素与肃顺不和，被肃顺怀恨在心。咸丰八年，奉命任主考官，因家人参与舞弊失察而被肃顺抓住把柄。次年二月，柏葰被正法。
同时被判死刑的还有房官翰林、兵部主事，及有关举人和副主考官之子等多人。另外副主考官程庭桂、朱凤标以下十几名考试大员也被革职流放。
表面上看是为了严整考规考纪，实际上是公报私仇。
尤其是两年后的科考，肃顺带头舞弊，人们开始对他打着正义的名号，处理柏葰等人一案产生怀疑。
这个案子虽说已经很久远了，但影响很大。恭亲王沉思了片刻，答道：
“柏葰对家人舞弊失察，致使我朝廷取士不公，贻误人才，理应严惩；然而此案处理过严，弄得士人满狱，有失本意，朝野微辞颇多。臣恳请降旨，交礼部、刑部会同复审。”
恭亲王奕訢的一番话正说到众人的心坎儿上了，听了这话，大家均点头称是，并恳请能迅速办理此案。
同治元年正月二十四日，根据复审结果发布上谕宣告，此案主犯柏葰确属听受家人嘱托，取中试卷，罪无可辞。但载垣等人拟定“斩立决”却为罚不当罪，实乃公报私仇。
并决定法外施恩，将柏葰之子录为正式官员。圣旨一下，朝野内外欢呼雀跃，均称颂当今朝廷，称赞恭亲王奕訢为一代贤王。