就在剿灭美共的事态一无既往地狂飙突进时，日美关于停战协定终于也有了达成一致的时刻:1946年4月24日，双方外交代表草签了停战协定并迅速发回国内提交最终审议。
最终谈的条件是以堀悌吉提出的“400亿开价，300亿为底线”的目标推进的，包括:
1、日本在6个月内撤军完毕，并向美国完好交还夏威夷群岛及附属的民众、产业、装备等；
2、美国实际向日本支付经济补偿金320亿美元，其中240多亿直接转交德国，冲销日德欠款，德国因已从其他渠道得知日本要去勘察加半岛踢斯大林的屁股，便给了差不多50亿马克的折扣——实际上德国有关战争成败早在1944年底就全部收回了，后面收的都是净利润而已，240亿美元移交对德国而言等于又是80亿桶原油，霍夫曼乐得赚这个便宜；另外80亿美元在6个月内由美国提供一批战争剩余物资给日本，包括胜利轮、卡车、二手机床、废钢铁等，不支付现金，由于成本和计价不同，美国实际付出远不到80亿，再加上不用向日本直接支付赔款，美国面子也保住了；
3、日本就战争时期“不宣而战”进攻夏威夷进行官方解释和道歉（可不用在日本国内发表），美国表示接受且不要求惩戒当事人——这虽是双方自欺欺人的表示，但多少给了美国一点体面；
4、双方尽快遣返战俘和侨民；
5、日本保证不干涉美国与澳大利亚间的经贸关系，美国承认日本在远东地区的优势地位。
总体而言，这是双方在都无可奈何之下签署的协议。
美国因为美共叛乱后元气大伤，即便再想和日本打仗的军人也不看好打仗能解决问题，更要紧的是，参联会还收到了令他们心头发憷的情报:赤色分子冲进新的核元素提炼生产基地，不但盗取了一部分图纸和技术资料，甚至还拿走了辛辛苦苦提炼出来的部分高纯度铀-235，同时为掩人耳目，还在基地放了一把火，这把火一烧再加上美共前前后后的闹腾导致电力、物资中断使原本预计5-6月就能完成同位素提炼的计划又要推迟到1947年春季，这让参联会对迅速拥有原子弹几乎失去了信心。
在核武器领域没有优势，在常规部队领域美国的优势也不明显，因为美共闹腾和东海岸反复火箭洗地，大西洋舰队规模扩充远远没达到参联会的期望，到1946年春季时主力航空母舰只维持在16艘规模，远远没到期望的24艘，虽比德国13艘略多一些，也没到差距很大的地步，而从德国侧面打听到的情报更让人吃惊，日本由于不受干扰再加上原材料比较容易得到解决，航空母舰反而造得飞快，云龙级已服役了10艘，再加上原来的大凤号和双鹤，居然也能拉起至少13艘舰队航母的编队，日本轻型航母、护航航母、辅助航母的总数虽不到美国总数三分之一，但其中有几艘从英国获得的巨人级同样很有威力。且据说日本船台上还摆着至少10艘轴心级航母，将在今后陆续完工，这对美国而言同样不是一个好消息。