自从我们在你和嘉儿身上发现人类徽章对于数码宝贝促进后，我们就着手开始分析你们的数据。我们本来因为能量的不足而担心，但是你们的身上拥有巨大的能量。我们假意答应千年兽的要求，一边加紧分析你们的数据希望可以找出原因。这样就可以不必依靠千年兽了。毕竟我们对千年兽从来不信任，而千年兽对我们也是如此。当初我们和千年兽之间的交易，说实话谁都没有真的相信对方会真的履行。
但是我们在分析了你们的数据后发现你们有一个独特的数据。这段特殊的数据我们无法理解，经过分析我们也不明白这段数据为什么可以拥有巨大的力量可以促进数码宝贝的进化。无奈我们回收了那个暴龙兽但是在回收的过程中，千年兽插手了他利用火墙的一个漏洞将暴龙兽抢走了。我们虽然及时的补上了这个漏洞但是却晚了一步暴龙兽还是被千年兽带走了。
千年兽利用钢之帝国留下的技术将那只暴龙兽改造成了机械暴龙兽，在千年兽给机械暴龙兽灌注了黑暗的能量后再次改造成了机械邪龙兽，从而诞生了第一由进化而来的究极体，在此之前究极体的数码宝贝只能用无穷的能量来催化比如十三皇家骑士和黑暗七魔王。但是机械邪龙兽的出现打破了这一个常识。从而让数码宝贝世界拥有了自然进化究极体这一个概念，从而让数码宝贝拥有了自然进化为究极体的可能。
我们于是想到了将人类世界的孩子们带到数码宝贝世界并且给他们相匹配的数码宝贝搭档，从而让他们可以催化数码宝贝，增添我们的战斗力。我们扫描了当时在场的孩子们将他们的心纹制作成了可以放大他们心纹和提高心纹力量传送给数码宝贝的利用率。但是我们担心在你们以后是否还可以拥有这个品质，或者在有了数码宝贝后会用他们做一些不好的事情，于是我们在徽章上加入了密码，只有在检测到你们有这个品质时才可以发挥徽章的功能。
我们和代理者将全部的精力都投入到了制作神圣计划和徽章的工作里，但是数码宝贝世界也不能没有管理者。于是我们选择了五只神圣的数码宝贝将他们的力量用圣石提升到了究极体，并且将圣石所掌管的法制给了他们希望他们可以代替我们管理数码宝贝世界。在做好了这些后我们就开始了工作，希望可以在与千年兽决战的最后时刻让这些数码宝贝转化为助力。
但是在这个时间里镇座数码世界中央掌管“大地(世界)”的皇帝数码兽黄龙兽是数码宝贝世界的第一只数据种数码宝贝被在遥远古代降临的一只天使数码兽封印于地下深深的黑暗中。因此失去统治的四圣兽开始争夺霸权。虽然黄龙兽陷入了封印但是他却是第一只数据种的数码宝贝从此数码宝贝世界有了数据种的数码宝贝。
掌握着数码宝贝世界的规则守护东方操纵雷之力量的青龙青龙兽守护北方操纵水之力量的玄武玄武兽守护南方操纵火之力量的朱雀朱雀兽守护西方操纵钢之力量的白虎白虎兽。和手下的十二帝厉魔毘羯罗兽(亥)，宫毘罗兽(子)，伐折罗兽(丑)，迷企罗兽(寅)，安底罗兽(卯)，頞儞罗兽(辰)，珊底罗兽(巳)，因达罗兽(午)，波夷罗兽(未)，摩虎罗兽(申)，真达罗兽(酉)，招杜罗兽(戌)开始了互相讨伐，在这场本不用的战争里无数的数码宝贝卷入其中。
四圣兽他们的职责是维护数码宝贝世界的平衡和平稳的运行。但是他们争权夺利的行为将数码宝贝世界带入了战乱之中，在这场战争中无数无辜的数码宝贝死亡，他们的怨念在数码宝贝世界中不断的飘荡不愿散去。来自人类的负面思考、被这场战争影响进化不了而灭亡的数码宝贝们的怨念。数码兽即使在进化的过程中不幸消失了，仍然能做为别的数码兽在创始村筑构重新复活。但是对自己消失的怨念、思想等仍会残留。
由大量进化中消失的数码宝贝的怨念和人消极的思考加上来自黑暗之海的数据成为了一个恐怖的结合体—极恶魔王强大的力量足以毁灭平行世界。与“恒常性”是完全相反的两派，其巨大的身体里充满了留恋不已的数码宝贝们各种各样的怨念，以及所有黑暗系数码宝贝的进化、必杀技、通常技之类的情报。。
极恶魔王想用体内预先准备的大爆炸将世界重置，之后自己创造新世界的规则，也就是成为神。将进化、成长、运动、所有反复无常的事物（也就是进化的概念）都否定掉，正如他本身的概念一般，成为停滞又死寂的新世界之神。开始与四圣兽争夺数码宝贝世界的控制权。四圣兽停止了战争，开始站在统一战线与极恶魔王斗争。但是他们之间的战争让数码宝贝世界再次开始了动荡。
最后四圣兽借助数码宝贝世界的力量封印了极恶魔王将其封印在了火墙外面。但是这场战争让数码宝贝世界的平衡消失了。火墙也开始变得不是那么的紧密可以防御黑暗区域的侵蚀，黑暗区域开始不断的侵蚀数码宝贝世界。
在这个时候千年兽利用这个时机开始冲击封印，我们只能留下代理者继续制作神圣计划和徽章，好在已经差不多完成了。我们则去黑暗之海监视千年兽的行动。
就在这时候千年兽利用极恶魔王留下的后手发动了，小丑皇带领着机械邪龙兽袭击了我们制作神圣计划的地方。代理者们的战斗力并不强大，没能抵挡小丑皇他们的进攻他们夺走了徽