但是，顺治亲政以后对呕心沥血辅佐他的母亲却没有康熙对待孝庄那样孝顺，而是处处跟母亲顶牛，其中不乏孝庄对儿子的严厉、对权柄的热衷，但是很多书上都说顺治对母亲和多尔衮的恋情感到耻辱。再就孝庄册立自己的侄女，蒙古科尔沁贝勒吴克善的女儿博尔济吉特氏为皇后。也有说是多尔衮给指的婚，所以顺治无法容忍。后来因为这位皇后善妒和奢华、蛮横等原因，顺治皇上坚决要求废后另立。到了顺治十年的八月，孝庄见儿子实在是没有回转的余地，只好同意，皇后降为静妃，改居侧宫。为了消除这一举动可能带来的消极政治影响，孝庄又选择了蒙古科尔沁多罗贝勒之女博尔济吉特锦氏进宫为妃，后册立为后。但是顺治对这位蒙古包里出来的漂亮姑娘同样地不感兴趣。
后来，董鄂氏进宫被封为皇贵妃，地位仅次于皇后，甚至要册立董鄂氏为皇后。这一举动造成了母子间的隔阂。后来董鄂氏去世，顺治把一切罪责都归集到太后的身上，连太后病倒，也不去问候。
历史的真相扑朔迷离，对于太后的褒奖也说法不一。
对孝庄的正面形象有利的还有她对贴身侍女苏茉尔的主仆情深。孝庄皇后与苏茉尔朝夕相处，形影不离，厮守六十余年，俩人的关系实际上已经超出了一般的主仆关系。
还有就是孝庄下嫁摄政王之事，也是后世对清宫秘闻的关注点。关于太后下嫁，最早引起史学家关注的是明朝遗民张煌言的《建夷宮词》，其中一首：“上寿觞为合而尊，慈宁宫里烂盈门。春宫昨日新仪注，大礼恭逢太后婚。”太后下嫁之说还有其它一些论据，其中之一就是多尔衮被顺治皇上尊称为“父皇摄政王”，其中之二是蒋良骐的《东华录》中记载，诏告多尔衮的罪状中还有其“亲到皇宫内院”；其中之三是在孝庄遗嘱康熙不要将其与皇太极合葬，是否因下嫁多尔衮有难言之隐。当然还有种种考证说太后下嫁纯属子虚乌有。
雍正皇帝评价孝庄太后是“统两朝之养孝，极三世之尊亲”；皇太极把她看作是一位聪明颖慧、贤达有为的贤内助；顺治皇帝则把她看作是恶毒残忍、了无亲情的仇人；在康熙的眼中，她又是一位慈爱稳重、感情至深，颇具政治才能的老祖母；而在她的政治对手看来，孝庄太后是一位颇具心计、不可战胜的女政治家。