寇谦之去北魏平城以前，朝廷多信佛教；寇谦之的新天师道得到太武帝崇奉之后，自然影响到佛教的发展，但当时太武帝对佛教并无恶意。后来，太武帝发现僧尼不守清规，干些伤风败俗的事，遭到太武帝的怨恨，才下令禁僧俗来往。
太平真君六年，发现长安佛寺僧人与起兵反魏的胡人盖吴有关，下令诛杀长安沙门。第二年，下诏各州杀僧人，毁佛像，禁民信佛。一时，北魏佛教受到摧毁性打击而衰败。这就是历史上有名的“三武一宗”灭佛事件的“太武灭佛”。
然而，寇谦之对太武帝灭佛活动，不太热心，甚至反对。他认为道教己处于国教地位，佛教己无力相争，没必要排佛；他认为新天师道吸收不少佛教义理。道佛互相融合，可以共处，根本没有发展到你死我活的地步；他更认识到以太子晃为首的鲜卑贵族崇佛抑道；排佛过于激烈，势必影响政局不稳，不利道教。所以，对于执意灭佛的崔浩，多次争辩利害得失，崔浩不听。崔浩想施展用儒家思想来治国，削弱贵族势力；寇谦之意识到这可能逞一时之快，而最终会招致杀身之祸，前景相当严重。
寇谦之不仅想到崔浩的未来灾难，也想到了他自己的现状，他以太武帝名义修建“静轮天宫”因“必令其高不闻鸡鸣狗吠之声，欲上与天神交接，功役万计，终年不成”，而招致皇太子一帮人的非议；“寇谦之想以无止境的时间，办不可能办到的事，费损财力，疲劳百姓，恐怕不太合适吧？”太武帝也认为无不有理，寇谦之很清楚这个内情。
他还意识到他所招收的新老弟子，入京城之后，个个贪图享受，无所长进，自己己年过八十，道教后继无人，静轮天宫，己历时十八年，而竣工无期，这使得寇谦之己力不从心了。他是否感到大限将至，有一天他对弟子们说：“当我寇谦之在世之日，你们可以求得荣华富贵，一旦我去世，这静轮天宫真难修成呵！”
太平真君九年，寇谦之预言不久的夜里，在尚未完工的静轮天宫里悄悄仙去了，享年八十三岁。两年后，崔浩奉命纂修国史，太子晃为报“天佛”一箭之仇，先表面赞同他秉笔直书；国史修成后，又借口崔浩“尽述国事，备而不典”，将其诛杀，并尽戮其族。崔浩之死，正被寇谦之在预言言中。
太平真君十一年，迫于压力，太武帝下令拆除静轮天宫。太平真君十二年，太武帝突然终止“真君”年号，改元“正平”。十个月后，太武帝被近侍杀死。因太子晃早死，由皇太孙濬即位，是为文成帝。年仅十二岁的小皇帝立即宣布解除废佛令，恢复佛教。寇谦之死后，他的弟子中却没有一个能够代替他存在的人，新天师道依旧活跃，但是对朝廷的影响力大不如前。