对于御马监这个大明朝又一特色衙门，是所有司礼监掌印太监的一个无奈。就算是当年称霸内廷的刘瑾也好，还是自称是内廷第一人的吕芳也好，谁也没有真正掌控过御马监。御马监成为了一个内廷老大的禁忌，一个任何老大都不愿意提及的话题。其实道理十分简单，不是他们做不到而是他们不愿意做。御马监名义上是负责皇室马匹管理的衙门，其实从一开始建立的时候，已经明确了这个衙门的职责和权限。皇帝手里需要有部队，一支只听从皇帝一个人号令的部队。虽然皇宫有守卫，但是这些军队不是独立的，他们要听从兵部和五军都督府的双重指挥。皇帝不信任他们，他们也不是皇帝最值得信任的军士。在一定的时候这些人成为了皇帝的隐患，他们时时刻刻监视着皇帝的一举一动，甚至于威胁到了皇帝的安全。所以明朝开国皇帝朱元璋建立了锦衣卫，由锦衣卫负责内部保卫，这些护卫在外围守卫。后来锦衣卫因为要监视官员，人手严重不足，朱元璋才想到建立一支只听从皇帝一个人的军队。这支军队从一开始建立就已经脱离普通的军队序列。除了每一年固定不变的军费开支外，兵部也好五军都督府也好，谁也不能控制这支军队。这支军队名义上由内廷御马监管理，其实是由皇帝一个人说了算。这支军队就是大名最精锐也是最神秘的军队，因为他们的任务是保卫皇帝，负责禁宫的治安，所以大家管这支军队叫禁军。
因为御马监负责这支军队的日常管理，因为御马监是皇帝最后一道防线，所以御马监的一把手地位十分特殊。原来御马监的总管不隶属于司礼监下属的，御马监总管因为管着军队所以和司礼监掌印太监几乎平起平坐。在大明官员们称呼内阁首辅为“外相”，司礼监掌印太监为“內相”。所谓“外相”和“內相”加上最后拍板的皇帝，就可以决定一切国家大事。但是内行的人知道“外相”和“內相”联手最多只能决定国家的未来走势，真正想要控制局面还需要军队的支持。整个国家军队林立，但是从总体上来说除了名义上的五军都督府之外，整个朝廷一共有十镇。其中边关有四镇，京城三镇，南直隶南|京一镇，其他地方还有两镇。这十个镇的直接掌管人才是军队最有权势的十个将军。因为朱元璋这个皇帝从一开始就担心军队不受控制，所以取消了元帅这个职务。平时的军队日常管理和训练交给五军都督府分别管理，后来因为有了十镇，所以这些镇下属的军队由他们的将军管理，其他的军队才归五军都督府管理。随着各地军队各行其是，五军都督府的权限越来越小，几乎成为了一个摆设。大家都说十镇的将军才是大明最厉害的武将。但是知道内情的人会说十镇的将军在御马监总管面前算是一个屁。十镇的将军每个人手中最多几万人马，虽然比一般的地方武装厉害不少，但是绝对不能和禁军相提并论。禁军无论是从军队的人数和精锐程度上来说，都不是任何军队可以比拟的。虽然外人不知道禁军的准确数字有多少，但是通过一些禁军的只言片语，还有每一年武器装备的申领数目，可以猜测出一些端倪。禁军不存在着虚报数目和克扣军饷等地方武装的陋习。所以禁军的数量和装备精良程度不会有错，很可能是两个镇甚至于三个镇的总合。所以御马监的总管才是大明朝掌管军队人数和最精锐的人。怪不得在内廷有“司礼监有文相，御马监有武帅。”的说法。
到了嘉靖皇帝朱厚熜的时候，为了便于管理内廷，也为了尽快将御马监的势力收归自用，嘉靖皇帝朱厚熜这才下令御马监并入司礼监下属。这样一来御马监的总管也算是司礼监掌印太监的下属，一个当然的秉笔太监了。当时嘉靖皇帝朱厚熜之所以要这么做，也是一个无奈的办法。当时嘉靖皇帝朱厚熜以明孝宗朱祐樘的继子身份继承大统，他必须要认明武宗朱厚照也就是先帝的母亲张太后为母亲。嘉靖皇帝朱厚熜登基的时候才十几岁，朝廷有内阁首辅杨廷和掌控，后宫有张太后把持。嘉靖皇帝朱厚熜成为了一个傀儡皇帝，就连一点自由和秘密也没有。为了尽快改变局面，当时担任嘉靖皇帝朱厚熜的贴身太监的吕芳，建议尽快控制后宫。嘉靖皇帝朱厚熜想尽办法也没有从杨廷和和张太后手里要到多少权力。这也让嘉靖皇帝朱厚熜彻底恨上了杨廷和和张太后。吕芳成为了司礼监的随堂太监，一个一点实权也没有的小人物。但是吕芳为自己的主子嘉靖皇帝朱厚熜打听到了一个好消息。张太后虽然掌控着后宫，但是手下时任司礼监掌印太监和御马监总管太监关系不好。利用他们两个人的矛盾，就可以分化张太后在后宫的势力，为嘉靖皇帝朱厚熜争取了时间和机会。为此嘉靖皇帝朱厚熜力劝张太后将御马监并入司礼监，御马监总管担任司礼监的秉笔太监。表面上看起来统一了行政号令，其实是让司礼监掌印太监和御马监总管加深矛盾，让他们两个人因为一点小事发生摩擦。不久之后御马监总管这个名义上的下属真的和司礼监掌印太监吵了起来。张太后为了维护一把手的权威，只好帮着司礼监掌印太监打压御马监总管。总管一气之下索性暗中投靠嘉靖皇帝朱厚熜，这让嘉靖皇帝朱厚熜在后宫有了自己的势力。
掌控大局后的嘉靖皇帝朱厚熜开始担心司礼监掌印太监权力过大的问题。所以他暗示