思想观念
第二思想准备上，日军狂妄自大，对美军的战略反攻缺乏必要的思想准备，并因此主观武断地作出了错误判断，日军统帅部一直有着根深蒂固的想法，即美军的反攻是在1943年后，正是基于这种想法，日军才力图抢在美军反攻之前尽量将战线前推，而不愿过早转入战略防御。日军认为既然美军的战略反攻尚未准备就绪，那么继续向所罗门群岛的推进，就不会遇到什么阻挠，这才敢于一举越过数百海里，在瓜岛修建机场。这种做法，根本没有意识到所面临的威胁，从拉包尔到瓜岛数百海里间，没有可以居中策应的前进基地，在瓜岛上也只顾突击修建机场，忽视必要的防御准备，使岛上的日军对美军的突然进攻无论精神上还是物质都毫无准备，在美军的进攻下一触即溃。
反观美军，早在1942年3月，就开始为此次战役进行准备，向南太平洋调集兵力兵器，建造舰艇、飞机，储备装备和补给品，在新喀里多尼亚和新赫布里底修建海空基地。因此，8月7日的瓜岛登陆，是美军一次预有准备，计划周密的战略反攻行动。日军完全作出了错误的判断，以为只是美军为破坏机场而发动的骚扰性质的行动，直到10月底，第2师团的总攻失败后，才逐渐认识到这是美军的反攻，并可能发展为双方的战略决战，但为时已晚，日军被迫在瓜岛与美军进行一场极为不利的决战。
美军当得知日军进驻瓜岛后，就有人指出，这未曾不是好事，因为，从地理上讲，瓜岛远离日本本土，而靠近同盟国的澳大利亚等地，地理上对日本是极为不利的，孙子兵法云：“夫地形者，兵之助也。料敌制胜，计险易、远近，上将之道也。知此而用战者必胜，不知此而用战者必败。”既然地形不利，就应当避免不利形势下的决战。但被战争初期的胜利冲昏了头脑的日军统帅部，并未能从顺利中看到初露端倪的危机，更未能预见到战局可能出现的逆转，从而未能及时转入防御，当遭到美军的反击后，又未能果断撤出，直到战役后期，才在极其不利的局势下作出撤离瓜岛的决定，此时战役中的巨大消耗，使其舰艇部队和航空力量元气大伤，再也无力与美军争夺战略主动权。
作战指挥
第三作战指挥上，从1893年起，日本的陆军参谋本部和海军军令部就是两个完全独立平等的统帅机关，分别指挥陆军和海军。虽然后来设立了大本营，作为最高统帅机关，但因为陆、海军之间各种矛盾根深蒂固，所以还是难以实施统一指挥。最高统帅名义上是天皇，实际上天皇能够直接指挥的机会并不多，很难起到统一指挥的作用，而别人根本无法同时统帅陆海两军，当陆、海军对某个问题争执不下时，大本营只好采取协调双方妥协通过一个折衷方案，而即使是这种方案也并不能真正起作用，到了战役进行中，往往陆、海军各行其是。为了避免陆海军之间不必要的摩擦，大本营将某些地区分别指定陆军或海军负责，各司其责，但这样做的缺点使陆海军之间互不通气。如在瓜岛，是划归海军负责，最初就没有一名陆军，陆军对于海军在瓜岛建机场，就全然不知。后来为了协调陆海军的行动，大本营于8月13日制定了关于所罗门群岛作战的《陆海军中央协定》，但也只不过是一纸空文，并不起作用。
因此，在瓜岛争夺战中，陆军、海军都存在着严重的本位主义，各行其是，丝毫谈不上协同配合。陆军在岛上的总攻，未能与海军协调行动；而海军舰队的出击，也不与陆军的进攻相配合，也就发挥不出陆海军协同作战的威力。特别是在10月下旬的总攻中，陆军与美军地面部队相差无几，海军则占有几乎一倍的优势，如果陆海军密切配合，夺回机场不是没有可能，而实际上，陆军在岛上发动第二次总攻，海军则在海上组织圣克鲁斯海战，结果，由于力量分散，陆地上既未能夺回机场，海上也没有消灭美军的舰队。在整个瓜岛战役过程中，这样的事例不胜枚举，陆海军之间的矛盾始终没有很好解决，因此说，日军没有统一的指挥，是瓜岛战役失败的重要原因之一。