魔卡少女樱讲的是一个叫木之本樱的忻娘收集库洛牌，最后成为最厉害的魔法师的故事。故事前半截是讲述木之本樱收集各种卡片，后半截则是小樱在艾利欧故意制造的各种事故中，将库洛牌转化成樱牌的故事。这个故事中有初代萌神小樱、引发塔罗牌占卜热潮的库洛牌、贯穿许多故事中的幕后人物库洛里多、许多腐女的*及百合入门cp。
祁宇就留在木之本家，开始最基础的魔力训练。其项目，也就是冥想增加魔力，以及精细化控制魔力这两项。此时的小樱已经知道需要将库洛牌转化成小樱牌。为了转换库洛牌，庞大的魔力和精细的操控是必须的，凌就是艾利欧找来教导小樱的人。
桃矢在观察了一阵子之后，也加入了训练的行列。桃矢空有力量却不知道怎么运用，这让他无力了很久。这个妹控早就不满自己妹妹陷入危险去收集什么劳什子牌了。现在看见有比较靠谱的人教导，自然也跟着学。
不学白不学，就算不如小樱这个已经使用过魔法的人学的快也没什么丢脸，不是还有个祁宇垫底吗？
祁宇表示他一点也不想成为桃矢的比较对象。
祁宇在木之本家呆了一个月，开学之后，神通广大的凌就办好了入学手续，让祁宇跟着桃矢和雪兔进了星条高校。这段时间，木之本家也真的完全接纳了祁宇，把祁宇当做了家人看待。
这人与人之间的关系就这么奇怪。一向对人际关系很警惕的桃矢，第一眼就觉得祁宇是个可以深交的人。而拥有“怪兽直觉”（小樱：哥哥你讨厌！）的小樱，更是粘祁宇粘到桃矢都吃醋的程度，连小樱最喜欢的雪兔哥都靠边站了。
嗯，吃醋的不只是桃矢，还有一个同样是中国人的小屁孩。
祁宇也觉得很奇怪。他对自己那德行是再了解不过。上一辈子敞开心扉的人就少之又少，这一辈子可以说就只有爷爷奶奶，甚至有时候爷爷奶奶也觉得有些隔阂——都是穿越惹的祸。但是在小樱面前，他总是不自觉的柔和下来，放松心底防线。似乎看着这个名字叫樱的女孩，那如同樱花般灿烂的笑脸，连他自己阴暗的内心，都变得光明了似的。
“你有一个好妹妹。”祁宇如是对桃矢说。
“那个兄物。”桃矢嗤笑，满脸得意。
“所以我决定抢走她。”祁宇一本正经，“我会成为她心中最重要的哥哥，你靠边站吧！”
“……”桃矢扔下笔，拖着祁宇的领子出门决斗。
“噗……”雪兔捂着嘴偷笑，“他们感情真好。”
“两个笨蛋。”穿着向日葵布偶装的凌一脸嫌弃。
“不过你来学校，居然老师看见也不说。”雪兔看着把自己下半身埋进花盆的凌笑道。
“我只是一株向日葵而已。”凌很正经的回答。
“……”雪兔愣了一下，“好吧。”
“雪兔的人格和月的人格要合一了吧。”凌突然转换话题。
“……”雪兔沉默了一会儿，微笑道，“本来就是一个人，不过是共享记忆，影响性格而已。”
“合一需要强大的魔力支撑，你是‘月’，‘月’不能自己产生魔力。小樱的魔力还不足以你们完成融合吧。”凌叹道，“你们再晚一点就好了。”
“这是无法控制的。”雪兔将书本合上，望向窗外。
祁宇现在很忙很忙，为了赚零花钱（凌虽然有钱但总不能老是用他的吧），祁宇每周都要去远房表亲家给表妹美墨渚补课——由此他认识了初代光之美少女黑·天使&白天使，外带光之国小萌物三只。凌的魔法训练自然不可能停，祁宇每周还要抽出一天去接受另一个鬼畜婴儿虐待——凌说ebon的收费可是很高的，祁宇需要满怀感恩的接受另一个鬼畜婴儿的蹂躏。
这时候，那个鬼畜婴儿还没有成为未来的十代目的老师，而是在友枝町忙什么工作，就住在小樱家附近。而加入ebon的训练的还有桃矢，这个妹控真是不放过任何可以变强的机会，让消极丹的祁宇也不得不拿出十二分的努力，特别是连小樱也加入之后。
小樱真是个很努力的好孩子，一点也不怕苦不怕累，再加上本来运动细胞就很发达，嗯，神经也很大条，对ebon的魔鬼训练一点也不害怕。
不久之后，渚和穗乃香——也就是光之美少女黑·天使和白天使也加入进来。她们自从知道小樱是魔法少女之后就和这个魔法少女小妹妹有了联系，关系越来越好，还能互相探讨力量的运用。而小樱知道她们两就是和怪物对抗的光之美少女，简直崇拜的不能再崇拜，她和知世简直把渚和穗乃香当做亲姐姐一样看待了。
说起ebon，就不能不说沢田纲吉。纲吉目前才初一，离ebon训练他还有近一年。这时候彭格列的几个继承人还活的好好的，ebon也只是单纯的来日本办事，顺便应老友沢田家光的请求看一看他的妻儿是否安全，若有什么，出手肃清一下而已。但是ebon发现，貌似这沢田纲吉废材的太不靠谱了。ebon一次和家光无意间说起纲吉的事，家光便拜托很有家教经验的桃矢和祁宇给纲吉补课。
他们两都是普通人，嗯，表面上是，和纲吉见面没关系。他知道纲吉没有男性长辈的教导，性子很懦弱，他也很心疼，却不知道该如何是好。他认识的人都是黑手党那个圈子，或者和黑手党圈子有关联的，而并盛町也不是个普通的地方。不过若是凌这个连九