在重新启用了孙传庭以后，崇祯皇帝就在文华殿召见了孙传庭，向他询问平定内乱的方略。孙传庭对于天下大计从来有一套自己的见解，对皇帝是侃侃而谈。大概是因为在狱中关得久了，其实孙传庭已经很不了解天下大事已经败坏到何等地步，也不知道农民军的实力已经远远超过当初，所以他还在皇帝面前夸下海口说：只要有五千精兵，就足以破贼。
崇祯皇帝是第一次单独召见孙传庭，很有些相见恨晚的感觉，立即命他率领京营部队前去解救正在被围困的开封。但这时候的李自成却已经自解开封之围，转而攻打堰城、襄城，并消灭了汪乔年部。在这种情况下，也只有一个孙传庭最合适担当陕西总督的重任了。
这时候在中原对付农民军的名义统帅是七省督师丁启睿，但此公庸碌无能，任职以来毫无作为。崇祯皇帝任用孙传庭，实在是把他当成围剿农民军的中坚人物来看待的。
而丁启睿也没有辜负崇祯皇帝的“信任”，五月，丁启睿统帅的十八万大军几乎是全军覆没。而丁启睿在狼狈逃窜时竟把督师的敕书、印、剑也全都丢失一空。崇祯皇帝是愤恨不已，下令把丁启睿逮捕下狱，杨文岳也革职候代。左良玉虽然倡逃在先，由于他兵多势大，朝廷有所顾忌，只把另一总兵杨德政作个“法头例首”，予以处斩。
而在此时，大明朝可以动用的三支部队只有吴世恭的汝宁军、左良玉的楚军和贺人龙的秦军了。
而这三支官军的状况，都是武将拥兵自重，逐渐形成尾大不掉的局面，突出地表现为调动不灵，或者即便奉调而来，一遇劲敌就丢下督师的文臣各自逃命。尤其是这仨人都是骄横跋扈之辈，都不为朝廷所用。
贺人龙于崇祯十三年曾从四川“譟归”陕西，不肯为追剿张献忠、罗汝才部农民军卖命。后来两次随陕西总督出关都不战而溃，把朝廷的方面大员傅宗龙、汪乔年先后丢给了农民军。
左良玉在杨嗣昌督师时就不服调遣，丁启睿继任督师后对他更是一筹莫展。
至于吴世恭，那就更不用提了。
于是崇祯皇帝就知道，如果不能控制这仨人，根本就无法把农民军造反镇压下去，他遂决定分别采取措施，力图改变现状。
由于贺人龙问题更严重，崇祯皇帝就密令新任陕西总督孙传庭将他处斩，借以杀一警百。崇祯十五年四月间。孙传庭檄调各总兵会集于西安。在筵席上突然逮捕贺人龙。宣布罪状后立即斩首示众。接着部署善后事宜，以贺人龙部兵丁分隶诸将，提升贺人龙手下的农民军叛徒、也就是曾经与李自成的前妻私奔的“小白脸”——副总兵高杰为总兵，借以稳定军心。
于是孙传庭就把贺部万余人全部收作自己的标兵。而秦军的各路将领震慑于孙传庭的威严和名望。一时都还驯顺。
于是乎，秦军也就成为了当时大明朝唯一一支有着强大战斗力，而又听从朝廷调遣的主力部队。而崇祯皇帝对孙传庭的表现也十分满意，多次降谕嘉奖，并且把一举歼灭农民军主力的梦想全都寄托在孙传庭身上。
但是所有人都不知道，或者知道也不说透，秦军那强大的战斗力其实是大打折扣的。当年由洪承畴和孙传庭建立的强大秦军，被洪承畴带到辽东损失了一部分；因为孙传庭的入狱散失了一部分；因为郑崇俭的入狱被杀又流失了一部分，因为傅宗龙和汪乔年的战败接着损失了一部分；最后又有丁启睿这个“败家子”。到了现在，还有多少有战斗力的秦军老兵呢？可能活着的都在李自成和罗汝才的农民军那里吧！
而对于吴世恭和左良玉，明廷考虑到他们麾下兵多势重。尤其是左良玉，他麾下相当一部分都是他招抚来的农民军部队，如果处置不当很可能一哄而散。依旧变为“流寇”。因此崇祯皇帝就采取了结之以恩的办法。
怎么办？就启用对这俩人都有恩的侯询为督师。要利用侯询对这俩人的关系加以笼络。又一位“诏狱军校”出身的督师出现了。
侯询上任伊始，朝廷就让其领军以解开封之围。而侯询也上疏朝廷，对用兵方略提出了一个全盘计划。这全盘计划反正是洋洋洒洒一大篇，不详细叙述了。但奏疏的重点，也表明了侯询已经认识到：双方力量对比已经发生了根本的变化，处于劣势的大明朝已经不能主动地寻求农民军主力作战，只能扼险据守，等待时机。
因此，侯询反对廷议以援救开封作为当务之急，主张责成陕西、保定、山东、凤阳、淮徐各督、抚固守本境，他自己不是按朝廷的意旨调吴世恭部、左良玉部北上解开封之围，而是前往汝宁坐镇于吴世恭军中相机行事。
侯询还指出：当时河南已是赤地千里，粮食窘绝，农民军近百万之众集中在这里，过不了多久就会出现粮食危机。到那时他再督率吴世恭部、左良玉部由豫南、湖广北上，会同陕西总督孙传庭夹攻农民军于河南。
不提此作战计划是否能顺利地实现，但起码证明了侯询的头脑很清醒，而且还很有战略眼光。所以说，一个人的私生活和私德与他的能力是毫无关系的。
不过侯恂的建议一提出，立即被崇祯皇帝所否决。他不顾实际情况，坚持首先必须力解开封之围。在这样的情况之下，侯询也只能无奈地南下了。
此外，崇祯皇帝还在竭力地“治理维新”。他接连召见