二藏和三轮，形式不同，其实一致。二藏是横判，三轮是竖判；二藏是大小两乘，三轮也只是本末二轮。所以说《法华经》之前“般若”诸大乘经为枝末者，以其不废三乘权教故名枝末，非谓“般若”等明理不究竟被判为枝末，不同阿含经本身是权教，说为枝末。
理论诸法性空的中道实相论，为此宗的中心理论。这种理论，总说世间、出世间万有诸法，都是从众多因缘和合而生，是众多因素和条件结合而成的产物，这叫缘起，离开众多因素的条件就没有事物是独立不变的实体，这叫无自性，也就是性空。即缘起事物的存在就是性空，不是除去缘起的事物而后说空。如《十二门论》所说“众缘所生法，即是无自性，若无自性者，云何有是法。”这就是说缘起法无自性就是毕竟空，但为随顺世俗的常识，而说有缘起的事物，把缘起和性空统一起来，这就是中道。所以，不离性空而有缘生的诸法；虽有缘起的诸法，也不碍于毕竟空的中道实相。为了阐明这种理论，此宗更立有真俗二谛和八不中道等义。
(一)真俗二谛。也叫第一义谛和世俗谛。对于二谛的解释，佛教各宗不尽相同。此宗自摄岭兴皇以来，即以二谛为言教。二谛是言教乃根据《摩诃般若经》
和《中论》说的。《大品般若经具足品》说:“菩萨住二谛中为众生说法，世谛、第一义谛。二谛中众生虽不可得，菩萨行般若波罗密以方便力故为众生说法。”
《中论?四谛品》说:“诸佛依二谛，为众生说法，一以世俗谛，二第一义谛。”
《百论》亦有类似的说明。这些经论说法都意味着二谛只是为教化众生而假设的言教。即为著空者依俗谛说有，为著有者依真谛明空。明空不住空，为显示不是自性实有；说有不住有，为说明不是断灭的空无。如此，虽说空没有，为令人体悟到超越空有、言忘虑绝的诸法实相，便是法性理体。所以真俗二谛不过是为了说法教化上的方便，适时而用的假设，如标月之指，意在月，而不在指，由此二谛言教，体悟无所得的中道实相。
(二)八不中道。此宗依《中论》卷首“不生亦不灭，不常亦不断，不一亦不异，不来亦不出”八不偈之意，以显发中道实相。认为原来凡夫二乘有种种偏执偏见，概括起来有生灭断常一异来去四双八类，这些偏见，是种种戏论，所以对它们一一皆用“不”字来否定它，令诸众生离此八偏，以悟入空有不二的中道。
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