主岛周围大小海湾66处，其中可建深水锚地的海湾有七处，无论地理条件还是港口条件都是东南沿海建立自由贸易港的最佳选址。
德国获得南澳后，商船便可以此为锚地摆脱对于香港的依赖。而且就地理位置而言，随着日本、长江沿岸和中国北方以及台湾的贸易扩大，珠江流域的贸易比重逐日下降，因此大型海船在南澳卸货，再由中国沿海的小型船舶转运各处乃是经济上最为有利和成本最低的物流途径。
总体而言，南澳岛唯一的不足就是风力常年都比较大，这一点比起舟山等背风港口要逊色不少。海风过大会对卸货和装船造成一些麻烦，不过随着技术的进步，这些都是可以解决的。