“师叔！”阿豪看到山洞里面手拿桃木剑的骷髅，以及脚下的那块茅山令牌，认出是已经失踪十年的吴真人。与吴真人的尸体纠缠在一起的乃是一具僵尸，看的出来吴真人用以命换命的方式才制住这具僵尸。吴真人是九叔师弟，法力不俗，这具僵尸逼得吴真人与他同归于尽，看来很凶。
“教授，不要！”阿豪这才发现山洞中不止一具僵尸，在旁边还有一大一小两幅棺材，教授打开棺材后正准备揭开小僵尸的符咒。阿豪的大声提醒吓了教授一跳，教授也顺手合住棺材，没有揭开棺材。
阿豪松了一口气，然后提议道，“教授，这三具尸体有古怪，我看我们还是烧掉它，再炸掉山洞。”师叔法力高强都无法彻底消灭僵尸，何况自己，还是烧掉的好。
“烧掉！”教授像看白痴一样的看着他，“这三具尸体一看就是一家子，根据他们的服装，至少有百年历史。尸身百年不腐，你知道在医学上如果不用福尔马林，做到这点有多难吗？”
在这种非密闭的空间中，三具尸体能保持如此完好，不管是在历史上还是医学上都是一个大发现。“叫村民来帮忙，我要把这三具尸体带回实验室，好好研究。”教授拍板道，“我有朋友一直在收集古尸，像这种完好无缺的尸体，少说过百万一具。”
“教授，你这什么朋友？居然有这种爱好。”阿豪吐槽道，收集古尸，还不如说是收集僵尸。
二人通过走私路径把僵尸运到香港，来到教授自己的实验室。另一边，阿星在药店老老实实的抓药，给病人看病。突然看到台历，想到今天是阿豪回香港的日子，于是向九叔请假到实验室找阿豪。
来到实验室的阿星第一眼就看到那三具僵尸，许久不见的他被吓了一跳。然后看到阿豪拿出一盒骨灰，说是师叔吴真人。并拿出师叔的遗物，茅山正一观的令牌以及一本道术秘籍。阿星随手翻了翻秘籍，看到其中一页画的符咒很眼熟，正是三具僵尸被镇压所用之符。
接下来的事情就和第一部《僵尸先生》很类似了，阿星边看秘籍边研究符咒，无意中拿开了它，导致僵尸苏醒。二人依旧手忙脚乱，观众们可以很明显的看出二人动作迟缓，毕竟年纪大了。师兄弟二人费尽九牛二虎之力才制服僵尸，教授刚好回来，并打算带僵尸去香港科研所。
二人无法说服教授的行动，只得一同出发去科研所。在路上，阿豪因为教授抽烟而打开窗户，一阵风吹来，小僵尸身上的符咒被吹开，苏醒过来。
“小玲，要迟到了。”另一边，马先生的一对儿女正准备上学。一个小胖纸率先出门，然后对后喊道。
“大哥，我说了在外面要叫我大名马丹娜，不要叫小名马小玲。”一个粉嘟嘟的小女孩出门抱怨道。
“好了，别吵了！”马先生说道，“小虎，记得要在学校照顾妹妹，爸爸要去上班了。”
保护伞医药集团，马先生在学习西医后，根据九叔的几个中药配方研制出了成药。推出市场后大获好评，保护伞医药集团也成为全香港最大的医药研发集团，哪怕在欧美医学界也享有盛誉。
“总裁，内地有消息了。”刚刚来到办公室的马先生就接到了电话。
“说！”
“香港有个教授从内地走私过来三具尸体，看照片很像总裁你要求的古尸。这个教授准备把尸体带回香港科研所研究，您看？”
“替我密切关注这个教授还有那三具尸体！”马先生挂掉电话，阿凤，这次我一定可以救你。
马丹娜在自家工具房发现了跳下车的小僵尸，连番试探后，二人开始成为朋友。小僵尸也用自己的法力征服了哥哥马小虎，并得到一众小伙伴的信任。这是《僵尸家族》里面唯一的温情一幕，儿童的天真无邪感染了大家，观众甚至觉得那个小僵尸也很可爱。
“无稽之谈！”在香港科研所，一名科学家听完阿豪与阿星二人的谈话，嗤笑道，“尸体在特殊的地形和环境下，能够保持不腐，比如埃及的木乃伊，楼兰沙漠的女尸，这都是有先例可循。你告诉我这两具是僵尸，还吸血，还要用符咒镇压。”
科学家边说边走到僵尸身旁，“我有英国圣乔治大学生物和物理双学士学位，你现在告诉我，这一张黄不拉几的小纸条有用。”科学家一把撕下符咒，然后低下头把脖子放在男僵尸嘴边，用他那高八度的声音说道，“你让他咬我啊，咬我啊！啊——”
科学家因为他的无知而付出了生命的代价。现场一片混乱，僵尸父母发现小僵尸不见后，不禁怒意从生。科研所的保安赶过来，齐齐开枪，可是毫无用处。
“教授，僵尸不怕子弹！”阿豪与阿星来到教授身边，说道，“我们快走吧，来时我已经通知了我师傅，他会有办法的。”二人不管不顾，离开科研所。好在僵尸父母心系小僵尸，没有过多杀戮，追寻小僵尸的味道来到马先生的家。
“嗯——”小僵尸一声低吼，把丹娜和小虎二人挡在身后，阻止父母伤害他朋友。一时，僵尸父母似乎有了感情，也许是为人父母感同身受，便拉着小僵尸离开。
“再见！”丹娜和小虎招手，与小僵尸告别。
九叔三人一路用茅山追踪术来到马先生的家，大吃一惊，看到两小孩安然无恙才放心。教授也带着警察赶到，由于科研所的血案，警方高度重视，大批人马重重包