然而，自此之后倪映典多多少少留下耿耿于怀的情绪，时常与国防部的官员们谈话时，忍不住给北京大本营带上几句闲话。这只不过是他个人情愫发牢骚而已，实际上并没有太多的怨念在其中。可是事情的变化发展总是难以预料，早在北京大本营成立之初，国防部内就有一些老派的官僚有所不满，趁着他这段时间里说的闲话，这些官僚也跟着大放厥词起来。
国防部内部有不少席位皆是之前北洋政府时期军事界的要紧人物，还包括一些南方执政府时期被架空的地方军阀，尽管如今南京中央政府完成国家统一，但这些人旧有的处事性格依旧一成不变。北洋时期的官场斗争屡见不鲜，连袁世凯的中央系都内争不止，更何况地方派系之间的成见？
谁都知道当初吴绍霆要开设北京大本营的意图，往好的方面来说，是由于当时梧州执政府刚刚迁入南京不久，国内国际对南京中央政府的影响使其立足不稳。为了巩固南北之间的统治权，故而设立北京大本营督视北方军阀，以示警戒。可是更深层的意思，还是因为吴绍霆自己有独裁的野心，为了分化国家军事大权，把军权牢牢掌握在自己手里，所以设置了另外一套军事系统，北京大本营名义上元首在北京的行营，在职能上与国防部近乎一样，在职权上却甚至高于国防部。
因此，北京大本营成立已经影响国防部许多官僚阶级的利益，尤其是那些骨子里依旧不满吴绍霆的人，总觉得北京大本营就是吴绍霆私有化的小集团，既然现在没能力对付吴绍霆本人，那从诸如此类的小集团下手又有何不可？不仅能消弱吴绍霆的权力，还能巩固个人利益，这是一举两得的好事。
北京大本营存在的矛盾由来已久，庆元会议事件时就已经有民主人士反对这种私有化的军事系统，然而随着庆元会议遭到***之后，这种反对声渐渐被人们淡忘。如今北大门暴动事件与官僚子弟胡作非为，仅仅是北京大本营矛盾的导火线，张汉举、倪映典二人在其中扮演的不过是催化剂的角色。
随着对北京大本营猜疑的流言蜚语在国防部各部门之间传播，这种矛盾渐渐从沉默中复苏过来，越来越多的人开始旧事重提，私底下纷纷议论着北京大本营的种种弊端。当然，议论北京大本营的***部分都是为了个人利益，也所以不会在乎北京大本营好的一面，反而一直揪住不好的一面大肆抨击，甚至根本不在乎这些抨击是否属实。
在国防部针对北京大本营的风波当中，主要的官僚渐渐转移到北洋中央系的旧部，比如之前在四川战争中战败被俘的伍祥桢、吴凤岭，以及被架空实权的傅良佐、唐天喜、卢永祥等人，其中还有地方军阀派系，云南的李鸿祥、贵州的刘显世。这些人要么是为了个人利益，要么是对吴绍霆怀有不满，要么是见风使舵、煽风点火之辈。
不过到目前为止，所有在诋毁北京大本营的人都仅仅只是发牢骚，散播一种不利的舆论氛围而已，并没有形成一个凝聚在一起的政治意见团体。在他们看来，如今吴绍霆的势力根深蒂固，没必要跟对方正面作对，无非是借助这次风波把心中的不满找个机会发泄出来。