且说李景隆欲杀郑承恩作替罪羊，众将不敢言语。唯一小将喊道：“郑先锋大破燕王，有功无过。倒是李元帅连奔四百里，难逃军法！”李景隆骂道：“何人找死？”徐辉祖忙道：“元帅息怒，此乃我幼弟徐斩，年少无知触犯军威，请求恕罪。”郭英亦道：“燕军顷刻兵临城下，用人之时，还请元帅三思。”李景隆只得将郑承恩、徐斩各打五十军棍，以儆效尤，诸将心中各怀愤恨。随后指派郑承恩独自率骑兵撤出济南，驻守单家桥，与济南互成犄角抵御燕军，实则孤立，令其难成大事。
朱棣听闻郑承恩遭猜忌，大喜不已，随即便数次派人以书信劝降徐辉祖，故意被李景隆截获。由于徐辉祖之姊乃是朱棣之妻，李景隆果然生疑，又因怨恨徐斩之故，于是上表奏明皇帝，搬弄黑白，惠宗对徐辉祖日渐提防，不久令其与郭英回朝。
朱棣除去顾虑，六月再度包围济南，满以为再无阻碍，谁想到金绍武并非等闲莽夫，昼夜不歇与曹震罡督众守城，军民皆矢志不偷生，各处防御犹如盘石之固。朱棣命柳惜朝连番叫阵，金绍武、曹震罡充耳不闻。
朱棣扬言欲掘堤引黄河之水灌城，曹震罡开门投降，朱棣举兵入城，突然千斤闸砸落，燕王诸护卫以身扛闸，被碾为肉泥，朱棣坐骑亦被压死，柳惜朝抱起主公，疾驰而返，幸免于难。朱棣盛怒，以炮屠城，金绍武忿将□□画像悬挂城头，又以□□灵牌分置垛口，燕军不敢开炮，济南得保。
朱棣围城已三月，久攻难下，接报郑承恩出兵夺取了沈仇英运饷船只，正带水军赶来。朱棣恐粮道被断，下令撤军。金绍武、曹震罡乘夜出兵袭击，燕军大败，金绍武、曹震罡遂收复附近失地。九月，朝中各大臣纷纷上书，弹劾李景隆丧师数十万，致使攻守形势逆转。黄子澄荐人不当，羞愧不已，也一同请求诛杀李景隆以谢天下。
谁知惠宗与李景隆本就十分亲近，故仅免大将军职务，召回京城，概不问罪。又命金绍武为平燕将军，曹震罡为副将，郑承恩为总兵。惠宗得知朱棣于此次征讨中几度遇险，乃下令今后若遇燕王不得伤害，否则令其背负弑叔罪名者，格杀勿论。诸将皆无言以对，此真滑天下之大稽，古今闻所未闻。
十月，郑承恩驻扎定州，金绍武、曹震罡镇守济南，朱棣乃避开两处，率兵袭击沧州。燕军大将张玉、朱能肉搏攻城，朱棣亲率柳惜朝掩杀，竟连夜斩首万余级，擒守将百余人，举国震惊。十一月，燕军绕过金绍武、曹震罡，遣柳惜朝焚毁南军粮船，抵达东阿、东平，威胁京师。金绍武、曹震罡被迫救援，进军东昌，背城列阵，与朱棣决战。
十二月，朱棣率军亲自冲锋，南军诸将皆不敢放箭，朱棣冲击曹震罡所领的左翼步兵队，曹震罡纹丝不动，难以撼之。朱棣只得攻击中坚，金绍武张开兵阵诱入燕王，再挥师包围数重，勒令其投降。朱棣倚仗特权誓死不屈，又有柳惜朝拼命护卫，等待燕军大将张玉、朱能分别救至，柳惜朝奋起突围，朱棣得以与朱能汇合，逃离战阵。
张玉见朱棣已退，正欲撤回，一将喝道：“贼人休走！”原来郑承恩杀到，张玉举剑相迎，早已被郑承恩一戟斩为两段。金绍武、曹震罡大军追来，燕军精锐尽皆战死，朱棣仅以百骑殿后，南军不得误伤，朱棣乃逃。郑承恩追至深州，燕军朱高煦、沈仇英援兵赶到，郑承恩被柳惜朝击退，朱棣败回北平，得知爱将张玉阵亡，痛哭不已。
建文三年正月，惠宗以东昌大捷祭告太庙，南军士气高涨，遂令齐泰、黄子澄复原职。朱棣折损大将，无人可担重任，只得起用薛禄、谭渊两员骁勇之将。二月，朱棣主动出击，于呼驼河受阻，薛禄策马驰援，前后冲阵数十次，大破南军，燕军追至夹河。三月，金绍武、曹震罡与燕军交战，朱棣同柳惜朝率轻骑掠阵，金绍武、曹震罡亦领骑兵追击，被先锋薛禄乱箭射退。
曹震罡所部持盾而进，朱棣命薛禄抵住，令大将谭渊乘机速推，不料谭渊虽勇，却不及金绍武力气无穷，五合不到，死于金绍武锤下。薛禄亦被曹震罡击退，正此时，副将朱能来援，柳惜朝护住朱棣以劲骑穿越阵地与其汇合。金绍武、曹震罡两队死伤亦重，退兵而去。
第二日，朱棣率薛禄、朱能与金绍武、曹震罡再战，自日出至日落，僵持难下。谁料狂风大起，飞尘遮蔽天空，吹往南军，燕军趁势呐喊，柳惜朝一马当先，左右横击，金绍武与曹震罡大败，退回济南。惠宗只得再次解除齐泰、黄子澄官职，请求燕王罢兵，朱棣知是缓兵之计，哪里肯听？
四月，朱棣进军真定，令先锋薛禄引诱郑承恩出击，双方战于单家桥，薛禄交手没数合被郑承恩擒获，薛禄奋力挣脱绳索，拔刀杀死守卒，飞驰而回。双方又战于呼驼河，郑承恩复败薛禄，常于阵中架起木楼，登高远眺，以强弩射击燕军，所杀颇多。待朱棣大军压至，无奈朱能与薛禄两将合攻，又柳惜朝寻衅单挑，郑承恩只得退回真定，燕军四处占领州县。惠宗宣称赦免起事之罪，再次恳请燕王罢兵归藩，朱棣公然拒绝。
五月，金绍武、曹震罡率轻骑偷袭沈仇英，切断燕军粮饷道路。朱棣挂出免战牌，派遣使者议和，惠宗将使者关入诏狱，以消两番请求罢兵遭拒之气，却令诸将暂缓兵事。六月，沈仇英为报夺饷之恨，领骑