控制了东南诸省之后，于孝天也就抓住了大明经济的命脉，那么接下来就是中原诸省了。
大明内乱起于陕西，祸及了河南、山西、湖广、南直隶以及山东南部等地，不把这几个地方控制住，那么就没法将大明的乱局给彻底按下。
所以于孝天收服了洪承畴、孙传庭二人，令他们走在前台，先从军事上挤压各路流民军生存的空间，并且初步取得了成效。
在崇祯十二年底的时候，以张献忠、罗汝才为首的一大批有名有姓的流民军首领，便纷纷被逼投降或者是被杀，使得河南湖广一带的局势渐渐趋于平稳，仅剩下了老回回马守应、革里眼贺一龙等等一批流民军，尚在南直隶与河南、湖广交界的英霍山一带活动。
而陕西也仅剩下了李自成等为数不多的流民军，被赶到了平凉、庆阳、延安府等地，被挤压在一些边远地区活动抑或是苟延残喘。
特别是在干掉了张献忠之后，使得整个流民军的士气都为之大为受挫，一些小股的流民军因为看到继续闹下去，已经没有多大前途，一些首领要么投降了官府，解散了他们的流民军，被遣送回乡安置。
但是李自成很显然比较硬气，却始终不肯低头投降，带着余部继续在平凉府和庆阳府一带流窜。
洪承畴在解决了张献忠之后，开始按照于孝天的吩咐，收拢兵力，把陕军主力向西调动，陈兵于淳化、三水、凤翔、陇州一带，堵住了李自成所部继续东犯的去路，并且得到了于孝天一部分新编练的于家军的支援，使之兵力和战斗力都又一次得到了大幅提升。
李自成到了崇祯十三年六月的时候，已经是举步维艰，他在洪承畴的军事挤压之下，率兵逃往了宁夏，但是到了那里之后，发现根本无处筹粮，于是又只得率部逃往临洮府一带，但是却遭到了新上任的临洮知府鲁方天领兵堵截。
李自成到了这个时候，已经是基本上到了弹尽粮绝的境地，麾下流民军数量也已经跌至了不到两万人的规模，而且核心堪战的兵力，不过只有区区两千人左右。
临洮知府鲁方天集结临洮地方守军，将其阻于临洮府东面龙门镇一带，双方发生了一场激战，鲁方天兵力不足，但是却死守不退，最终临洮官军战败，鲁方天死于乱军之中，也算是在于孝天当权之后，第一个死于流民军之手的高级官员。
但是李自成虽然打赢了这一仗，但是却也损失很大，突破了官军的阻拦之后，却没有能获得多少战利品，临洮在大明本身就是边镇，算是一个穷乡僻壤，李自成率部突入临洮府之后，却也没捞到多少好处，依旧是筹措不到足够他们应付一段时间的粮饷。
无奈之下，九月李自成率部只得放弃临洮府，带兵东返，试图打回他老家延安府一带，但是这一次他没有机会再回到他的故乡米脂县了。
洪承畴趁着李自成先逃往宁夏，接着又跑到了临洮府这段时间，完成了对李自成进剿的最后布置。
洪承畴一共集结起来了将近两万五千余陕军，沿着庆阳府、平凉府一带层层设防，堵住了李自成东返的去路。
李自成率部一路走一路上和官军交战，虽然屡屡小胜，攻破了数处官军的阻截，但是损失也越来越大，当他率部走到镇原县的时候，他麾下已经仅剩下了不足五千兵将，而且几乎彻底断粮。
李自成心知如果再获取不到一些粮食的话，恐怕马上他的兵马就会作鸟兽散，于是他决定铤而走险，攻打镇原县城，试图破城之后抢得一些粮食，让他补充一下，能一鼓作气突破官军的封锁，逃到延安府境内。
只要回到延安府境内，他认为以他乃是延安府本地人士，对于当地地形、人文都熟悉，而且人头也熟，完全可以得以喘息的机会。
但是他没有想到的是，就在他一路朝着延安府挺进的时候，洪承畴已经大致猜出了他要走的路线，提前把大概不到两个整编营的于家军给派到了镇原县一带。
带队的主将说起来让人感到有点世事无常，居然正是当年被于孝天生擒活捉的孔有德，不过现在已经换了一个名字，改成了孔尽忠，早已没有人知道他就是当年制造了登莱之乱的那个叛将孔有德了。
孔有德被于孝天俘虏之后，带回了南方，于孝天念在这家伙多年在关外和建奴征战，对于关外情况十分了解的份上，留下了他的性命，并且把他丢入到了于家军陆军学堂之中，来了一次深造。
孔有德起初很不适应于家军的管制严苛，屡屡犯戒没少被教官收拾，但是后来他也想通了，于孝天能留他一条命，已经算是法外开恩了，加之后来他到了淡水之后，意外的见到了留在淡水现在全心全意做学问的孙元化，两人相见之后感慨万分，孙元化把孔有德着实又教训了一番。
孙元化开导孔有德，让孔有德以后跟着于孝天好好干，于孝天乃是能成就大业之人，现在跟着于孝天，算是尽早从龙，以后可以洗白他的出身，成就一番事业，而且于孝天识人善用，对于部下相当不错，只要孔有德以后好好干，总是不会亏待于他。
于是孔有德受教之后，也就安心了下来，在陆军学堂之中足足呆了两年时间，改了名字之后，被授予了个少尉军衔，当了一个见习副连长，接着被派往香港岛驻守了一段时间，后来随军南下又去后黎朝跟越南人打了几仗，进而转正提拔为了副营长。