从1945年4月起的连续三个月中，盟军情报机关已经注意到日本本土防御部队的增长，包括在九州补充了五个师。但是预测仍然乐观，认为到11月时九州的兵力只能达到35万。这个估计由于在5月又发现四个师被打破——并且有迹象表明数量还在增加。到6月预计总数达6万，甚至超过，i所破译的日军密码指出在九州南部的部署部队到九个师，三倍于早先估计。
关于日本在九州岛的备战军力于6月中旬陡增的情报给太平洋和华盛顿都带来强烈的冲击。
，威洛比。首次指出4月的估计认为日本有能力在九州部署6个师，但也有部署1个师的潜力。
“头六个师已经现了形，”他评论道，“但还不知道终点在哪里。”如果照此势头发展，它将可能“发展到一个敌我双方达1比1的比例，这显然不是决胜之法。”日本在九州的军力部署导致美国的战争计划者们，尤其是马歇尔将军，开始考虑对奥林匹克行动进行大幅度修改，或干脆以其他的进攻方案代替。根据马歇尔的命令，约翰？e?赫尔（johne。hll）少将研究了对日本土进攻时战术核武器的使用（即便在日本遭到两次核打击之后，马歇尔也不认为日本会立即投降）。莱尔？e?西曼（lylee。an）少校的报告称，到x日时可提供最少7枚原子弹用于打击防御部队。西曼建议美军应等待“至少48小时”再进入受打击区域；但由于此时对放射性尘埃的风险尚缺乏认识，如此短时间的等待必将导致美军士兵遭受严重的核辐射伤害。
麦克阿瑟拒绝了任何关于改变战争方案的看法，说：“我确信你所收到的关于日本积蓄空中力量以对抗奥林匹克行动的情报被严重夸大了.至于地面部队在九州南部的集结情况.我不相信.果真有报告给你的那么强。我认为，奥林匹克行动一丝一毫都不容变更。”
但是，金恩（海军作战部长）此时已经准备正式提出反对意见；而尼米兹也有不同看法，并在美国政府内部引起了争论。
在这样的情况下，马歇尔和杜鲁门之间的互动将最为关键。
有重大证据表明，马歇尔急于在最晚8月15日以前发动进攻。但他也明白，美国政府、特别是杜鲁门本人，在连美军内部也未达成一致的场合下，恐怕不会答应一场耗费如此巨大的入侵。
这也多少消减了马歇尔的个人决心。此时，苏联也正在秘密准备于占领萨哈林全岛和千岛群岛之后，继续进攻北海道。这给盟军造成相当大的压力——使之须在11月之前就发动进攻。
美军当局假定“进攻所遭遇的抵抗不将只来自有组织的军事力量，而且还包括狂热的敌对民众”，因此巨大的伤亡将不可避免。但是具体到这个数字会有多高，没有人给出确信的答案。
一些人作出了估计，但在数量、假定以及意图（甚至包括对本土进攻的赞成和反对）上分歧极大。
后来，这些假设又被用于对广岛和长崎使用原子弹的争论。
伤亡评估多基于之前战役的经验：联合参谋部于4月的一份研究报告称，每千人日的阵亡率为1。78，阵亡率为7。45。
这意味着若奥林匹克行动持续9天，将有45万6千人伤亡，其中死亡或失踪1万零9百。
如果小王冠行动也持续9天，则伤亡总数将达12万，其中死亡人数为26万7千。一份由尼米兹的幕僚于5月给出的研究报告称，头3天的伤亡率为4万9千，其中海上损失5千人。麦克阿瑟的幕僚给出的数字则是，头3天2万3千，12天后为12万5千。
这个数字被马歇尔所质疑，于是麦又给出了一个为1万5千的调整后数字，其中扣去了那些负伤后能返回前线的人员。
在6月18日有杜鲁门总统参加的一次会议上，马歇尔以吕宋岛战役为例，认为美国在头3天将承受3万1千左右的伤亡，而最终伤亡为日本的2，约7万人。
雷西则更倾向于以冲绳战役为基准，认为美国的伤亡率将高达35，暗示战死总数有26万8千。金恩则认为伤亡将在吕宋和冲绳之间，约3万1千到4万1千。
在所有这些评估当中，仅有尼米兹考虑了海上伤亡。事实上，在冲绳战役中，因神风特攻造成的损失于日军飞行员损失之比达1。78：1；而在九州，运输船只将更易暴露于自杀攻击之下。
美国战争部部长生的幕僚曾委托威廉？肖克利完成了一份报告，其中评估征服日本将造成17万到4万的美军伤亡，其中死亡4万到8万人。而日本方面仅死亡就可达5万到1万人。这个评估考虑了日本普通国民参战的因素。在政府以外，一些知情的民间人士也作出了他们自己的猜测。洛杉矶时报记者kylepalme称到战争结束将有5万到1万美军死亡。
前总统胡佛在给杜鲁门和生的便函中也给出了同样的数字，并且据信还是保守估计。
不过并不清楚胡佛是否在他与杜鲁门的会面中谈及过这些具体数字。不过，军方认为这些数字对于他们的战役方案而言“过高了”。
马歇尔和尼米兹都向杜鲁门总统提出，如果东北战场能在本月月底结束，那么陆铭手上最少可以解放出6万左右的兵力，这些完全不比美军差的部队如果能加入到对日本本土战场，也许形势并没有想象的那么严重。
麦克阿瑟这点上却反对