四月，部分流入广东市场的现代商品，通过商船辗转抵达黄石和张伟的手中，两人一时间大为惊悚，一边互相写信试探，一边追查货物来源。初步探明商品来源之后，“体制外”的台湾张伟还是一头雾水，身为临高集团成员之一的黄石，则陷入了极大的犹豫和挣扎之中（他在来明末之前，就已经知道临高众早期几次穿越销货的经过和大致货品种类了——等待已久的未来同伴们终于还是来了，自己究竟该怎么办？）。
与此同时，陈新与刘民有两人穿越到了蓟州一带，旋即前往天津，设法建立基业（《晚明》开场）。而其它的零星各路穿越者，也在历史车轮缓缓进入崇祯年代之后，相继出现于这片战火纷飞的华夏大地之上。
夏天，黄石硬着头皮与郑芝龙展开战斗，数千福宁军轻易横扫闽南各县，郑军在陆地上毫无招架之力。但苦于缺乏水师，也没有海战人才，对于据守厦门、金门和澎湖各岛的郑芝龙，黄石只能望洋兴叹。无奈之下，黄石与张伟秘密会面，道出了自己背后还有穿越集团后援之事，试图与张伟缔结军事同盟。但黄石的海上力量一时难以成形——拒他已经在努力造船了，台湾土豪张伟拥有的战船也不多，而且对黄石的节操很有疑虑，福建战局依然僵持，黄石虽然在陆地上战无不胜，但终究无法剿灭郑芝龙为首的海上集团。接着，八月二十二日，天启皇帝朱由校驾崩。十一月初六日，魏忠贤在阜城上吊自尽。黄石的政治靠山垮台，东林党迅速占据朝堂，开始清算阉党余孽。虽有孙承宗等人力保，但黄石还是不幸沦为打击对象之列。陈新依靠大骂阉党起家，名声鹊起，得文登营之基业，同时开始打探黄石这个历史上不存在的名将的底细。
崇祯元年（1628年）上半年，以“师劳无功”、“依附阉党”等罪名，黄石被降为福建北路副总兵，随即又贬为参将，甚至差一点被处决，亏得有孙承宗和一干士林拥趸说好话，这才没有落到更糟糕的处境。
可之前向山东商人借贷的大笔军费（平蛮大借款）难以偿还，福建官府拒绝垫付，痛打落水狗的地方官甚至克扣此前福建沿海战事消耗的军费，也不发放闽南作战胜利的犒赏，又弹劾福宁军在闽南劫掠士绅（官府不给粮不发军饷，军队不吃大户根本没法活），福宁军一时间内外交困，黄石的财政陷入空前绝境。
接下来，熊文灿就任福建巡抚，企图招安郑芝龙的海商/海盗集团。为了讨好郑芝龙，也是为了献媚于当权的东林党，熊文灿开始对黄石这个“阉党余孽”发动进一步的打压，不仅自毁福建海防，还罗织罪状要杀黄石的手下大将赵慢熊、贺定远等人，黄石只得安排他们逃亡到台湾张伟的地盘上暂时避一避风头。
艰难的等待之中，九月一日，临高众的“圣船”丰城轮终于抵达这个世界，同时发现黄石失踪。却不知在临高县城里早有黄石的探子。年末，得知消息的黄石，从福建派遣密使来临高送信诉苦，不久台湾张伟的使者也来到临高。但在这个时间点上，三方的力量暂时都极为有限，且彼此信任也成问题，未能很快扭转局面，不过总算是延迟了郑芝龙被招抚的时间。经过一番讨价还价，张伟在临高得了个元老头衔，而劳苦功高，坐拥雄兵的黄石同志，则跻身为临高的“执行委员”之一（长期外派，基本纯属一个头衔）。
崇祯二年（1629年），皇太极挥师破关，席卷京畿，由于之前被黄石的先进战法磨砺了几年，以及袁崇焕的大肆通敌卖国（《窃明》剧情设定），八旗军的战斗力远比历史上更强，在内应袁崇焕的全力配合之下，皇太极一度几乎攻破北京。虽然后金军最终未能破城，但明朝的损失也远比历史上更重，整个河北完全糜烂，大批军队哗变溃散或被歼灭。不过陈新的文登营倒是在最后的反击战之中表现出彩，得到崇祯皇帝的嘉奖与赞誉。但是由于这个世界的历史早已被黄石搅乱，陈新的表现暂时并未引起南方穿越者的注意。
同年春，拒有穿越者们一再捣乱和拖后腿，但郑芝龙的海盗/海商集团终于还是被熊文灿招抚，郑芝龙成为“海防游击”，穿着官服荣归闽南故里，实际控制福建南部，并且对福建省北部的黄石虎视眈眈。
另一边，黄石依靠临高方面资助的现代工业品，勉强还清了“平蛮大借款”，却被熊文灿趁机弹劾“勾结海盗”，企图下狱治罪。亏得崇祯皇帝在逮捕袁崇焕之后，也甚为后悔当初纵容袁崇焕违反法度，擅自斩杀毛文龙之事，才把福建当局对黄石的弹劾暂时压下。而熊文灿也没有袁崇焕那样破坏体制，擅自斩杀大将的勇气，这才让黄石暂且逃过一劫。但另一方面，死要面子的崇祯皇帝同样没有再次启用黄石的打算。
从此之后，福建官府处处优待郑芝龙等一干投诚海盗，不断侮辱和苛待黄石的部下，全靠台湾张伟和临高方面的暗中输血，才维持祝宁军不至于崩溃——于是，恼火的黄石对明朝再无半分留恋，开始将麾下部分将士派往临高，襄助元老院的征服大业。而饱受欺负的福宁军上下，对于忘恩负义，认贼作父（过于厚待和笼络郑芝龙，拿这