这样的一个大名门望族，对于内忧外患的大唐帝国来说，无疑是一件好事，而魏征正是他们的代表，可以说李世民能重用魏征，一方面是安抚了李建成、李元吉的旧臣，另一方面也是趁机拉拢河北的士族支持，除此之外，还有一个重大的原因，那就是当年魏徵在武阳郡丞元宝藏帐下为官。元宝藏起兵响应瓦岗李密，元包藏给李密的奏疏都是魏徵所写，李密见魏徵非常有文才，于是召见魏徵，魏徵献上壮大瓦岗的十条计策，但李密不用。
大业十四年，王世充袭击仓城被李密击败，王世充转攻洛口，又被李密击败。魏徵却对长史郑颋说：“李密虽然多次取得胜利，但是兵将也死伤了不少，瓦岗又没有府库，将士们取得战功得不到赏赐。还不如深沟高垒，占据险要，与敌人相持，待到敌人粮尽而退时，率军追击，这才是取胜之道。洛阳没有了粮食，王世充无计可施就会与我军决战，这时我们却不跟他交战。”郑颋对魏徵的话不以为然，说这是老生常谈的。魏徵说了一句：“这是奇谋深策，怎么是老生常谈呢。”拂袖离去，他在瓦岗军中虽不如秦叔宝、程咬金出名，但也是他们其中的一份子，拉拢这样的一个人，可以说是对山东、河北、甚至李建成、李元吉最好的信号，让他们安分守己，不在兴风作浪。
当然了有好处，当然也有坏处，比如贞观初年，河北一带原太子李建成、齐王李元吉的旧属因玄武门事件搞的人人自危，李世民派魏徵前往河北进行安抚。路上魏徵正好碰见太子千牛李志安、齐王护军李思行被押往京城，魏徵让将二人释放，仍旧任命官职，这样河北太子旧属才会相信李世民是真的要赦免他们，按照当时李世民的意思，这两人是万万不能放的，可咬牙听了魏征的建议，这是因为他需要安定。
又如长乐公主李丽质因长孙皇后所生，李世民对她特别钟爱，将她许配给长孙无忌之子长孙冲。贞观六年（旧唐书魏徵传为贞观五年）开始准备嫁妆，唐李世民对众臣说“长乐公主，皇后所生，朕及皇后并所钟爱。今将出降，礼数欲有所加”。大臣纷纷表示“陛下所爱，欲少加之”，于是进言请求双倍于永嘉长公主，李世民欣然同意。然而魏徵对此表示反对。因为永嘉公主乃是长乐公主的姑姑。此举逾越了礼制。李世民回宫把此事告诉了长孙皇后。长孙皇后得知此事后感叹魏徵能“引礼义抑人主之情”，并对他大加赞赏。特地派人前去赏赐给魏徵绢四百匹、钱四百缗，并传口讯说：“听闻你正直，现在见识到了，希望你一直保持，不要改变”。在李世民并未有所表示的时候，长孙皇后直接对魏徵加以赏赐，并暗示自己会给予支持，可谓给魏徵注入了强心剂。也正是因为有长孙皇后这样的靠山，魏徵的正义直谏才会这般顺利。？不久魏徵晋升爵位为郡公。这就直接干预皇帝的家事了，若不是顾忌魏征的身后的实力，以及大唐还禁不起战乱，李世民岂能让一个外臣干涉自己女儿的婚事，可见这段是千古君臣关系是多重利益下才促成的，其中李世民的忍耐可想而知，也就注定了后来的爆发。
此后，李世民实行均田制与租庸调制，“去奢省费，轻徭薄赋”，使人民衣食有余，安居乐业。大力奖励学术，组织文士大修诸经正义和史籍；在长安设国子监，鼓励四方君长遣子弟到来留学。此外，又屡次对外用兵，经略四方，平东tu厥、定薛延陀、征高句丽、联姻吐蕃、和高昌，使唐之国威远播四方，大唐初年的内忧外患的局面彻底改变，在强大的力量面前，魏征所起到的作用也越来越有限了，这一点这从他对魏征任用的官职以及从贞观十年后就不再理会魏征就可以看出。他只是为了自己的皇权利益而不得不任用魏征，苦苦忍受魏征的进谏。以至于李世民多次忍无可忍，在不同的场合忿忿地说出“早晚有一天要将魏征杀头”、“我恨不得杀了这个乡巴佬”等话来，到最后干脆将魏征赶去修史了，对于许多的建议，也不曾理会。
贞观十六年，魏征染病卧床，李世民下令把为自己修建小殿的材料，全部为魏征营构大房屋。不久，魏征病逝家中，李世民亲临吊唁，痛哭失声，并说：“夫以铜为镜，可以正衣冠；以古为镜，可以知兴替；以人为镜，可以知得失。我常保此三镜，以防己过。今魏征殂逝，遂亡一镜矣。”
同年二月，李世民命阎立本画二十四功臣，魏徵位列第三。
不久之后，侯君集以谋反罪被处死，杜正伦被罢免，魏徵曾经向李世民推荐这两人，说他们有宰相之才，魏徵又拿自己前后的谏辞给史官褚遂良，李世民知道开始怀疑魏徵是不是侯君集一党的。于是手诏取消衡山公主（后来被封为新城公主）与魏徵长子魏叔玉的婚约，此时李世民隐忍了多年的怒火，已经开始涌起，差的不过是一把导火线而已。
这根导火线很快就来了，他听闻魏征每次进谏，都把他的奏章抄录一份副本，送给由他亲口举荐的史官褚遂良留存。这下算是彻底点燃了李世民的怒火，玄武门之变李世民杀兄屠弟，逼父让位，这就像永乐皇帝夺了自己侄儿的皇位一样，无论建立了什么样的文治武功，心里总会隐藏着这份痛，所以永乐皇帝才被迫杀了不少人，迁都北京，甚至是下西洋，这份苦楚，当年的李世民也是一样，为了抹杀这份篡位的举动，他