永乐十二年，朱棣带着皇太孙朱瞻基，率领五十万大军开始了第二次北征蒙古的战争，他再次随行。这一次他承担了两项基本任务，其一，向朱瞻基讲说经史。其二，掌管皇帝的玉玺，充当朱棣的机要秘书。
行军期间，朱棣在自己的大帐中单独召见他，同他讨论军队粮饷的问题，他不卑不亢，以：“择将屯田，训练有方，耕耨有时，即兵食足矣。”提出一套实行军屯以解决粮草问题的计划，得到朱棣的首肯。虽然朱棣的第二次亲征，明军损失不小，但也使瓦剌大伤元气，此后大约七年多的时间里，北方基本保持了稳定。
永乐十九年，群臣反对迁都，是他与户部尚书夏原吉、吏部尚书蹇义等坚决支持迁都，并且在《题北京八景卷后》指出：“迨我皇上继承大统，又以蓟燕左环苍海，右拥太行，内跨中原，外控朔漠，宜为天下都会，乃诏建北京焉。”永乐十九年朱棣正式迁都北京，这次风波，正是因他杨荣等人极力支持朱棣，使风波很快平息下去。
永乐二十二年七月十八日，朱棣在回师途中病逝于榆木川，随从宦官马云等人不知所措，是他指挥若定，与金幼孜商议，认为离北京尚远，为防止军心涣散，应秘不发丧。他们用锡铸椑将朱棣尸体收殓起来放在车中，每到一地进膳和平时一样，明军浑然不觉。
他和海寿先回京师，向太子报告情况，决定处理方法。结果，朱高炽顺利地即位，国家政局未发生丝毫的骚动。他也因贡献突出，被晋升为太子少傅、谨身殿大学士兼工部尚书，并食三禄。
如今的他因，谋而能断，老成持重被人称作“东杨”。对于这份荣辱，他从未推辞，在他看来，这些是他应得的。
他为人虽有些恃才自傲，难容他人之过，与同事常有过节，并且还经常接受边将的馈赠，因此往往遭人议论，但他并不以为意，只要皇帝信任他，旁人的言语又算得什么呢？
新皇帝登基，他与杨士奇、杨博同时入阁，杨士奇以文见长，善于处理政务，杨博为人处事谨慎，以老成稳重闻名，是百官的楷模，唯独他其性警敏通达，善于察言观色，善谋划，尤其在边防的事物上，他有一种天生的敏锐。
蒙古在朱棣即位后，蒙古虽处在分裂仇杀之中，却并未归附明朝。为了解决蒙古问题，朱棣一方面直接针对蒙古三部采取分化瓦解的措施，另一方面着力于东北和西北地区的经营，形成控制蒙古地区的一把钳子。在实施这一战略过程中，他先后被派往甘肃和宁夏。杨荣恪尽职守，详细地了解山川形势、军事配备、军民士气、城堡建设，对蒙古的一切了如指掌。
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